doc/Tutorial.rd.ja in bio-0.7.0 vs doc/Tutorial.rd.ja in bio-0.7.1
- old
+ new
@@ -1,8 +1,8 @@
=begin
- $Id: Tutorial.rd.ja,v 1.18 2005/12/07 11:40:45 k Exp $
+ $Id: Tutorial.rd.ja,v 1.19 2006/01/16 15:23:11 k Exp $
Copyright (C) 2001-2003, 2005 KATAYAMA Toshiaki <k@bioruby.org>
= BioRuby の使い方
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コマンドラインでヘルプを参照するには、Ruby 標準添付の ri コマンドや、
日本語版の refe コマンドが便利です。
* ((<URL:http://i.loveruby.net/ja/prog/refe.html>))
+=== RubyGems のインストール
+
+RubyGems のページから最新版をダウンロードします。
+
+* ((<URL:http://rubyforge.org/projects/rubygems/>))
+
+展開してインストールします。
+
+ % tar zxvf rubygems-x.x.x.tar.gz
+ % cd rubygems-x.x.x
+ % ruby setup.rb
+
=== BioRuby のインストール
BioRuby のインストール方法は http://bioruby.org/archive/ から
最新版を取得して以下のように行います。詳しくは同梱されている
README ファイルを参照して頂きたいのですが、1日がかりの
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% cd bioruby-x.x.x
% ruby install.rb config
% ruby install.rb setup
# ruby install.rb install
-さらに、RubyGems が使える環境であれば
+RubyGems が使える環境であれば
- % gems install bio
+ % gem install bio
だけでインストールできます。
このあと README に書かれているように
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reg = Bio::Registry.new
serv = reg.get_database('genbank')
entry = serv.get_by_id('AA2CG')
-もし(4) を使いたい場合は seqdatabase.ini で
+もし (4) を使いたい場合は seqdatabase.ini で
[genbank]
protocol=biofetch
location=http://bioruby.org/cgi-bin/biofetch.rb
biodbname=genbank