doc/Tutorial.rd.ja in bio-0.7.0 vs doc/Tutorial.rd.ja in bio-0.7.1

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@@ -1,8 +1,8 @@ =begin - $Id: Tutorial.rd.ja,v 1.18 2005/12/07 11:40:45 k Exp $ + $Id: Tutorial.rd.ja,v 1.19 2006/01/16 15:23:11 k Exp $ Copyright (C) 2001-2003, 2005 KATAYAMA Toshiaki <k@bioruby.org> = BioRuby の使い方 @@ -48,10 +48,22 @@ コマンドラインでヘルプを参照するには、Ruby 標準添付の ri コマンドや、 日本語版の refe コマンドが便利です。 * ((<URL:http://i.loveruby.net/ja/prog/refe.html>)) +=== RubyGems のインストール + +RubyGems のページから最新版をダウンロードします。 + +* ((<URL:http://rubyforge.org/projects/rubygems/>)) + +展開してインストールします。 + + % tar zxvf rubygems-x.x.x.tar.gz + % cd rubygems-x.x.x + % ruby setup.rb + === BioRuby のインストール BioRuby のインストール方法は http://bioruby.org/archive/ から 最新版を取得して以下のように行います。詳しくは同梱されている README ファイルを参照して頂きたいのですが、1日がかりの @@ -62,13 +74,13 @@ % cd bioruby-x.x.x % ruby install.rb config % ruby install.rb setup # ruby install.rb install -さらに、RubyGems が使える環境であれば +RubyGems が使える環境であれば - % gems install bio + % gem install bio だけでインストールできます。 このあと README に書かれているように @@ -2046,10 +2058,10 @@ reg = Bio::Registry.new serv = reg.get_database('genbank') entry = serv.get_by_id('AA2CG') -もし(4) を使いたい場合は seqdatabase.ini で +もし (4) を使いたい場合は seqdatabase.ini で [genbank] protocol=biofetch location=http://bioruby.org/cgi-bin/biofetch.rb biodbname=genbank