vaspdir.rb in vasputils-0.0.6

- old
+ new

@@ -14,31 +14,19 @@
 require "vasputils/incar.rb"
 require "vasputils/outcar.rb"
 require "vasputils/poscar.rb"
 require "vasputils/kpoints.rb"
 
-# vasp 実行ディレクトリ(入力・出力ファイルを含む)を扱うクラス
+# Class for VASP executable directory,
+# including input and output files.
 #
-# MEMO
-# interrupted? みたいなメソッドは作れない。
-# 実行が開始したあと、その計算の状態が中断されているのか、
-# 単に実行中でファイルが書き込まれている途中なのか、
-# プログラムを実行しているプロセス自身以外は、外部からは判別がつかない。
-#
-# ルール
-# try00 形式の postfix がついていることを前提とする。
-# 00 の部分には CONTCAR を POSCAR にする手続きで連続して行う計算の番号を示す。
-#
 class VaspDir < ComputationManager
   class InitializeError < Exception; end
   class NoVaspBinaryError < Exception; end
   class PrepareNextError < Exception; end
+  class ExecuteError < Exception; end
 
-  #INCAR 解析とかして、モードを調べる。
-  #- 格子定数の構造最適化モード(ISIF = 3)
-  #- 格子定数を固定した構造最適化モード(ISIF = 2)
-  ##- k 点探索モードは無理だろう。
   def initialize(dir)
     super(dir)
     @lockdir    = "lock_vaspdir"
     %w(INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR).each do |file|
       infile = "#{@dir}/#{file}"
@@ -85,21 +73,10 @@
   end
 
   private
 
   # vasp を投げる。
-  # 計算実行時に lock を生成する。
-  # もし既に lock が存在していれば、例外 VaspDirLockedError を
-  # 投げる。
-  # lock は作られっぱなしで、プログラムからは削除されない。
-  # 通常、一度計算したらもう二度と計算しないし。
-  #
-  # MEMO
-  # mpirun で投げる場合は
-  # machinefile を生成しないとどのホストで計算するか、安定しない。
-  # そのうち mpiexec from torque に対応するが、
-  # まずは mpirun で動くように作る。
   def calculate
     begin
       info =
         MachineInfo.load_file("#{ENV["HOME"]}/.machineinfo").get_info(ENV["HOST"])
       vasp = info["vasp"]
@@ -109,81 +86,15 @@
     end
     command = "cd #{@dir};"
     command += vasp
     command += "> stdout"
 
-    system command
+    end_status = system command
+    raise ExecuteError, "end_status is #{end_status.inspect}" unless end_status
   end
 
   def prepare_next
     #do_nothing
     raise PrepareNextError, "VaspDir doesn't need next."
   end
 
 end
-
-#class VaspGeometryOptimization < ComputationManager
-#  # 次の計算ディレクトリを作成し、
-#  # その VaspDir クラスで self を置き換える。
-#  # 計算が正常終了していなければ、例外 VaspDirNotEndedError を生じる。
-#  # 次の計算ディレクトリが既に存在していれば例外 Errno::EEXIST が投げられる。
-#  def next
-#    raise NotEndedError unless normal_ended?
-#    raise ConvergedError unless to_be_continued?
-#    #postfix = /try(\d+)$/
-#    POSTFIX =~ @dir
-#    try_num = $1.to_i
-#    next_dir = @dir.sub(POSTFIX, sprintf("try%02d", try_num + 1))
-#    Dir.mkdir next_dir
-#    FileUtils.cp( "#{@dir}/INCAR"  , "#{next_dir}/INCAR")
-#    FileUtils.cp( "#{@dir}/KPOINTS", "#{next_dir}/KPOINTS")
-#    FileUtils.cp( "#{@dir}/POTCAR" , "#{next_dir}/POTCAR")
-#    FileUtils.cp( "#{@dir}/CONTCAR", "#{next_dir}/POSCAR")
-#    initialize(next_dir)
-#  end
-#
-#  # Return number of electronic steps.
-#  def internal_steps
-#    return outcar[:electronic_steps] if outcar
-#    return 0
-#  end
-#
-#  # Return number of ionic steps.
-#  def external_steps
-#    return outcar[:ionic_steps] if outcar
-#    return 0
-#  end
-#
-#  # Return elapsed time.
-#  def elapsed_time
-#    return outcar[:elapsed_time] if outcar
-#    return 0.0
-#  end
-#
-#  # normal_ended? が false なら false。
-#  # normal_ended? が true のうち、
-#  # 結果を使って次に計算すべきなら true を、そうでなければ false を返す。
-#  #
-#  # 計算すべき、の条件はモードによって異なる。
-#  #   NSW = 0 もしくは NSW = 1 のとき、必ず false。
-#  #   - :single_point     モードならば、常に false。
-#  #   - :geom_opt_lattice モードならば、ionic step が 2 以上なら true。
-#  #   - :geom_opt_atoms   モードならば、ionic step が NSW と同じなら true。
-#  #
-#  def to_be_continued?
-#    begin
-#      outcar = Outcar.load_file("#{@dir}/OUTCAR")
-#    rescue Errno::ENOENT
-#      return false
-#    end
-#    ionic_steps = outcar[:ionic_steps]
-#    return false unless outcar[:normal_ended]
-#    return false if @incar["NSW"].to_i <= 1
-#    if @mode == :geom_opt_lattice
-#      return ionic_steps != 1
-#    elsif @mode == :geom_opt_atoms
-#      return ionic_steps == @incar["NSW"].to_i
-#    else
-#      return false
-#    end
-#  end
-#