lib/vasputils/vaspdir.rb in vasputils-0.0.4 vs lib/vasputils/vaspdir.rb in vasputils-0.0.5

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 #
 # ルール
 # try00 形式の postfix がついていることを前提とする。
 # 00 の部分には CONTCAR を POSCAR にする手続きで連続して行う計算の番号を示す。
 #
-class VaspDir < Comana
+class VaspDir < ComputationManager
   class InitializeError < Exception; end
+  class NoVaspBinaryError < Exception; end
+  class PrepareNextError < Exception; end
 
   #INCAR 解析とかして、モードを調べる。
   #- 格子定数の構造最適化モード(ISIF = 3)
   #- 格子定数を固定した構造最適化モード(ISIF = 2)
   ##- k 点探索モードは無理だろう。
   def initialize(dir)
     super(dir)
+    @lockdir    = "lock_vaspdir"
     %w(INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR).each do |file|
       infile = "#{@dir}/#{file}"
       raise InitializeError, infile unless FileTest.exist? infile
     end
   end
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   # mpirun で投げる場合は
   # machinefile を生成しないとどのホストで計算するか、安定しない。
   # そのうち mpiexec from torque に対応するが、
   # まずは mpirun で動くように作る。
   def calculate
-    #File.open(lock_file, "w") do |lock_io|
-    #  lock_io.puts "HOST: #{ENV["HOST"]}"
-    #  lock_io.puts "START: #{Time.now.to_s}"
-    #  lock_io.flush
-
-    #  num_cores = 4 if /^Se\d\d/ =~ ENV["HOST"]
-    #  num_cores = 4 if /^Ge\d\d/ =~ ENV["HOST"]
-    #  num_cores = 4 if /^Ga\d\d/ =~ ENV["HOST"]
-    #  num_cores = 4 if /^At$/ =~ ENV["HOST"]
-    #  num_cores = 2 if /^yggdrasil$/ =~ ENV["HOST"]
-
-    #  # machines を生成
-    #  File.open("#{@dir}/machines", "w") do |io|
-    #    io.puts "localhost:#{num_cores}"
-    #  end
-    #end
-    #num_cores = 4
-
-    #settings = YAML.load_file("#{ENV["HOME"]}/.machineinfo")
-    #setting  = settings[ENV["HOST"]]
     begin
-      hi = MachineInfo.load_file("#{ENV["HOME"]}/.machineinfo").get_host(ENV["HOST"])
-      vasp = hi["vasp"]
+      info =
+        MachineInfo.load_file("#{ENV["HOME"]}/.machineinfo").get_info(ENV["HOST"])
+      vasp = info["vasp"]
     rescue
-      vasp = "vasp"
+      #vasp = "vasp"
+      raise NoVaspBinaryError, "No vasp path in #{ENV["HOME"]}/.machineinfo"
     end
     command = "cd #{@dir};"
     command += vasp
     command += "> stdout"
 
-    #if ENV["PBS_JOBID"]
-    #  command += "/usr/local/calc/mpiexec/bin/mpiexec /usr/local/calc/bin/vasp5212-mpich2"
-    #else
-    #  /usr/local/calc/bin/vasp5212-mpich2"
-    ##  command = "cd #{@dir};" +
-    ##    "/usr/local/calc/mpich-1.2.7-ifc7/bin/mpirun " +
-    ##    "-np #{num_cores} " +
-    ##    "-machinefile machines " +
-    ##    "/usr/local/calc/vasp/vasp4631mpi" +
-    ##    "> stdout"
-    #end
-
     system command
   end
 
   def prepare_next
     #do_nothing
+    raise PrepareNextError, "VaspDir doesn't need next."
   end
 
 end
 
-#class VaspGeometryOptimization < Comana
+#class VaspGeometryOptimization < ComputationManager
 #  # 次の計算ディレクトリを作成し、
 #  # その VaspDir クラスで self を置き換える。
 #  # 計算が正常終了していなければ、例外 VaspDirNotEndedError を生じる。
 #  # 次の計算ディレクトリが既に存在していれば例外 Errno::EEXIST が投げられる。
 #  def next