lib/ms/isotope/aa.rb in mspire-0.6.2 vs lib/ms/isotope/aa.rb in mspire-0.6.6
- old
+ new
@@ -1,56 +1,34 @@
module MS
module Isotope
module AA
+ # These represent counts for the individual residues (i.e., no extra H
+ # and OH on the ends)
ATOM_COUNTS_STR = {
- 'A' => { :c =>3, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'R' => { :c =>6, :h =>14 , :o =>2 , :n =>4 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'N' => { :c =>4, :h =>8 , :o =>3 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'D' => { :c =>4, :h =>7 , :o =>4 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'C' => { :c =>3, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
- 'E' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>4 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'Q' => { :c =>5, :h =>10 , :o =>3 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'G' => { :c =>2, :h =>5 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'H' => { :c =>6, :h =>9 , :o =>2 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'I' => { :c =>6, :h =>13 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'L' => { :c =>6, :h =>13 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'K' => { :c =>6, :h =>14 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'M' => { :c =>5, :h =>11 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
- 'F' => { :c =>9, :h =>11 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'P' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'S' => { :c =>3, :h =>7 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'T' => { :c =>4, :h =>9 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'W' => { :c =>11, :h =>12 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'Y' => { :c =>9, :h =>11 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'V' => { :c =>5, :h =>11 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- 'U' => { :c =>3, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>1 },
- 'O' => { :c =>12, :h =>21 , :o =>3 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 }
+ 'A' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'R' => { :c =>6, :h =>12 , :o =>1 , :n =>4 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'N' => { :c =>4, :h =>6 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'D' => { :c =>4, :h =>5 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'C' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'E' => { :c =>5, :h =>7 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'Q' => { :c =>5, :h =>8 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'G' => { :c =>2, :h =>3 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'H' => { :c =>6, :h =>7 , :o =>1 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'I' => { :c =>6, :h =>11 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'L' => { :c =>6, :h =>11 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'K' => { :c =>6, :h =>12 , :o =>1 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'M' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'F' => { :c =>9, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'P' => { :c =>5, :h =>7 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'S' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'T' => { :c =>4, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'W' => { :c =>11, :h =>10 , :o =>1 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'Y' => { :c =>9, :h =>9 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'V' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
+ 'U' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>1 },
+ 'O' => { :c =>12, :h =>19 , :o =>2 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 }
}
- ATOM_COUNTS_SYM = {
- :A => { :c =>3, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :R => { :c =>6, :h =>14 , :o =>2 , :n =>4 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :N => { :c =>4, :h =>8 , :o =>3 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :D => { :c =>4, :h =>7 , :o =>4 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :C => { :c =>3, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
- :E => { :c =>5, :h =>9 , :o =>4 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :Q => { :c =>5, :h =>10 , :o =>3 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :G => { :c =>2, :h =>5 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :H => { :c =>6, :h =>9 , :o =>2 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :I => { :c =>6, :h =>13 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :L => { :c =>6, :h =>13 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :K => { :c =>6, :h =>14 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :M => { :c =>5, :h =>11 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
- :F => { :c =>9, :h =>11 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :P => { :c =>5, :h =>9 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :S => { :c =>3, :h =>7 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :T => { :c =>4, :h =>9 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :W => { :c =>11, :h =>12 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :Y => { :c =>9, :h =>11 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :V => { :c =>5, :h =>11 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
- :U => { :c =>3, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>1 },
- :O => { :c =>12, :h =>21 , :o =>3 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 }
- }
- ATOM_COUNTS_STR.each {|aa,val| ATOM_COUNTS[aa.to_sym] = val }
+ ATOM_COUNTS_SYM = Hash[ATOM_COUNTS_STR.map {|k,v| [k.to_sym, v] }]
# string and symbol access of amino acid (atoms are all lower case
# symbols)
ATOM_COUNTS = ATOM_COUNTS_SYM.merge ATOM_COUNTS_STR
end