lib/bio/data/aa.rb in bio-1.3.1 vs lib/bio/data/aa.rb in bio-1.4.0

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 # Copyright::	Copyright (C) 2001, 2005
 #		Toshiaki Katayama <[e-mail]>
 # License::	The Ruby License
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-# $Id: aa.rb,v 0.22 2007/04/06 04:44:51 k Exp $
+# $Id:$
 #
 
 module Bio
 
 class AminoAcid
@@ -268,82 +268,6 @@
 
 end
 
 end # module Bio
 
-
-if __FILE__ == $0
-
-  puts "### aa = Bio::AminoAcid.new"
-  aa = Bio::AminoAcid.new
-
-  puts "# Bio::AminoAcid['A']"
-  p Bio::AminoAcid['A']
-  puts "# aa['A']"
-  p aa['A']
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.name('A'), Bio::AminoAcid.name('Ala')"
-  p Bio::AminoAcid.name('A'), Bio::AminoAcid.name('Ala')
-  puts "# aa.name('A'), aa.name('Ala')"
-  p aa.name('A'), aa.name('Ala')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.to_1('alanine'), Bio::AminoAcid.one('alanine')"
-  p Bio::AminoAcid.to_1('alanine'), Bio::AminoAcid.one('alanine')
-  puts "# aa.to_1('alanine'), aa.one('alanine')"
-  p aa.to_1('alanine'), aa.one('alanine')
-  puts "# Bio::AminoAcid.to_1('Ala'), Bio::AminoAcid.one('Ala')"
-  p Bio::AminoAcid.to_1('Ala'), Bio::AminoAcid.one('Ala')
-  puts "# aa.to_1('Ala'), aa.one('Ala')"
-  p aa.to_1('Ala'), aa.one('Ala')
-  puts "# Bio::AminoAcid.to_1('A'), Bio::AminoAcid.one('A')"
-  p Bio::AminoAcid.to_1('A'), Bio::AminoAcid.one('A')
-  puts "# aa.to_1('A'), aa.one('A')"
-  p aa.to_1('A'), aa.one('A')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.to_3('alanine'), Bio::AminoAcid.three('alanine')"
-  p Bio::AminoAcid.to_3('alanine'), Bio::AminoAcid.three('alanine')
-  puts "# aa.to_3('alanine'), aa.three('alanine')"
-  p aa.to_3('alanine'), aa.three('alanine')
-  puts "# Bio::AminoAcid.to_3('Ala'), Bio::AminoAcid.three('Ala')"
-  p Bio::AminoAcid.to_3('Ala'), Bio::AminoAcid.three('Ala')
-  puts "# aa.to_3('Ala'), aa.three('Ala')"
-  p aa.to_3('Ala'), aa.three('Ala')
-  puts "# Bio::AminoAcid.to_3('A'), Bio::AminoAcid.three('A')"
-  p Bio::AminoAcid.to_3('A'), Bio::AminoAcid.three('A')
-  puts "# aa.to_3('A'), aa.three('A')"
-  p aa.to_3('A'), aa.three('A')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.one2three('A')"
-  p Bio::AminoAcid.one2three('A')
-  puts "# aa.one2three('A')"
-  p aa.one2three('A')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.three2one('Ala')"
-  p Bio::AminoAcid.three2one('Ala')
-  puts "# aa.three2one('Ala')"
-  p aa.three2one('Ala')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.one2name('A')"
-  p Bio::AminoAcid.one2name('A')
-  puts "# aa.one2name('A')"
-  p aa.one2name('A')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.name2one('alanine')"
-  p Bio::AminoAcid.name2one('alanine')
-  puts "# aa.name2one('alanine')"
-  p aa.name2one('alanine')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.three2name('Ala')"
-  p Bio::AminoAcid.three2name('Ala')
-  puts "# aa.three2name('Ala')"
-  p aa.three2name('Ala')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.name2three('alanine')"
-  p Bio::AminoAcid.name2three('alanine')
-  puts "# aa.name2three('alanine')"
-  p aa.name2three('alanine')
-
-  puts "# Bio::AminoAcid.to_re('BZACDEFGHIKLMNPQRSTVWYU')"
-  p Bio::AminoAcid.to_re('BZACDEFGHIKLMNPQRSTVWYU')
-
-end