doc/KEGG_API.rd.ja in bio-1.0.0 vs doc/KEGG_API.rd.ja in bio-1.1.0
- old
+ new
@@ -1,8 +1,8 @@
=begin
- $Id: KEGG_API.rd.ja,v 1.8 2006/02/23 04:51:23 k Exp $
+ $Id: KEGG_API.rd.ja,v 1.11 2006/12/27 13:40:45 k Exp $
Copyright (C) 2003-2006 Toshiaki Katayama <k@bioruby.org>
= KEGG API
@@ -17,10 +17,11 @@
* ((<イントロダクション>))
* ((<KEGG API の使い方>))
* ((<Ruby の場合>))
* ((<Perl の場合>))
+ * ((<Perl の注意点>))
* ((<Python の場合>))
* ((<Java の場合>))
* ((<KEGG API リファレンス>))
* ((<WSDL ファイル>))
* ((<用語の凡例>))
@@ -28,80 +29,100 @@
* ((<SSDBRelation 型>)), ((<ArrayOfSSDBRelation 型>))
* ((<MotifResult 型>)), ((<ArrayOfMotifResult 型>))
* ((<Definition 型>)), ((<ArrayOfDefinition 型>))
* ((<LinkDBRelation 型>)), ((<ArrayOfLinkDBRelation 型>))
* ((<PathwayElement 型>)), ((<ArrayOfPathwayElement 型>))
+ * ((<PathwayElementRelation 型>)), ((<ArrayOfPathwayElementRelation 型>))
+ * ((<Subtype 型>)), ((<ArrayOfSubtype 型>))
+ * ((<StructureAlignment 型>)), ((<ArrayOfStructureAlignment 型>))
* ((<メソッド一覧>))
* ((<メタ情報>))
- * ((<list_databases>)),
- ((<list_organisms>)),
- ((<list_pathways>))
+ * ((<list_databases>))
+ * ((<list_organisms>))
+ * ((<list_pathways>))
* ((<DBGET>))
- * ((<binfo>)),
- ((<bfind>)),
- ((<bget>)),
- ((<btit>)),
- ((<bconv>))
+ * ((<binfo>))
+ * ((<bfind>))
+ * ((<bget>))
+ * ((<btit>))
+ * ((<bconv>))
* ((<LinkDB>))
- * ((<get_linkdb_by_entry>))
- * ((<get_genes_by_enzyme>)),
- ((<get_enzymes_by_gene>))
- * ((<get_enzymes_by_compound>)),
- ((<get_enzymes_by_glycan>)),
- ((<get_enzymes_by_reaction>)),
- ((<get_compounds_by_enzyme>)),
- ((<get_compounds_by_reaction>)),
- ((<get_glycans_by_enzyme>)),
- ((<get_glycans_by_reaction>)),
- ((<get_reactions_by_enzyme>)),
- ((<get_reactions_by_compound>)),
- ((<get_reactions_by_glycan>))
+ * ((<データベース間のリンク>))
+ * ((<get_linkdb_by_entry>))
+ * ((<get_linkdb_between_databases>))
+ * ((<遺伝子と酵素番号の関係>))
+ * ((<get_genes_by_enzyme>))
+ * ((<get_enzymes_by_gene>))
+ * ((<酵素、化合物、リアクションの関係>))
+ * ((<get_enzymes_by_compound>))
+ * ((<get_enzymes_by_glycan>))
+ * ((<get_enzymes_by_reaction>))
+ * ((<get_compounds_by_enzyme>))
+ * ((<get_compounds_by_reaction>))
+ * ((<get_glycans_by_enzyme>))
+ * ((<get_glycans_by_reaction>))
+ * ((<get_reactions_by_enzyme>))
+ * ((<get_reactions_by_compound>))
+ * ((<get_reactions_by_glycan>))
* ((<SSDB>))
- * ((<get_best_best_neighbors_by_gene>)),
- ((<get_best_neighbors_by_gene>)),
- ((<get_reverse_best_neighbors_by_gene>)),
- ((<get_paralogs_by_gene>))
-# * ((<get_neighbors_by_gene>)),
-# ((<get_similarity_between_genes>))
+ * ((<get_best_best_neighbors_by_gene>))
+ * ((<get_best_neighbors_by_gene>))
+ * ((<get_reverse_best_neighbors_by_gene>))
+ * ((<get_paralogs_by_gene>))
* ((<Motif>))
- * ((<get_motifs_by_gene>)),
- ((<get_genes_by_motifs>))
- * ((<KO, OC, PC>))
- * ((<get_ko_by_gene>)),
- ((<get_ko_by_ko_class>)),
- ((<get_genes_by_ko_class>)),
- ((<get_genes_by_ko>)),
- ((<get_oc_members_by_gene>)),
- ((<get_pc_members_by_gene>))
-# ((<get_ko_members>)),
+ * ((<get_motifs_by_gene>))
+ * ((<get_genes_by_motifs>))
+ * ((<KO>))
+ * ((<get_ko_by_gene>))
+ * ((<get_ko_by_ko_class>))
+ * ((<get_genes_by_ko_class>))
+ * ((<get_genes_by_ko>))
* ((<PATHWAY>))
- * ((<mark_pathway_by_objects>)),
- ((<color_pathway_by_objects>)),
- ((<color_pathway_by_elements>)),
- ((<get_html_of_marked_pathway_by_objects>)),
- ((<get_html_of_colored_pathway_by_objects>)),
- ((<get_html_of_colored_pathway_by_elements>))
- * ((<get_elements_by_pathway>)),
- ((<get_genes_by_pathway>)),
- ((<get_enzymes_by_pathway>)),
- ((<get_compounds_by_pathway>)),
- ((<get_glycans_by_pathway>)),
- ((<get_reactions_by_pathway>)),
- ((<get_kos_by_pathway>))
- * ((<get_pathways_by_genes>)),
- ((<get_pathways_by_enzymes>)),
- ((<get_pathways_by_compounds>)),
- ((<get_pathways_by_glycans>)),
- ((<get_pathways_by_reactions>)),
- ((<get_pathways_by_kos>))
- * ((<get_linked_pathways>))
+ * ((<パスウェイへの色づけ>))
+ * ((<mark_pathway_by_objects>))
+ * ((<color_pathway_by_objects>))
+ * ((<color_pathway_by_elements>))
+ * ((<get_html_of_marked_pathway_by_objects>))
+ * ((<get_html_of_colored_pathway_by_objects>))
+ * ((<get_html_of_colored_pathway_by_elements>))
+ * ((<パスウェイ上のオブジェクト間の関係>))
+ * ((<get_element_relations_by_pathway>))
+ * ((<パスウェイ上のオブジェクト検索>))
+ * ((<get_elements_by_pathway>))
+ * ((<get_genes_by_pathway>))
+ * ((<get_enzymes_by_pathway>))
+ * ((<get_compounds_by_pathway>))
+ * ((<get_glycans_by_pathway>))
+ * ((<get_reactions_by_pathway>))
+ * ((<get_kos_by_pathway>))
+ * ((<オブジェクトからパスウェイ検索>))
+ * ((<get_pathways_by_genes>))
+ * ((<get_pathways_by_enzymes>))
+ * ((<get_pathways_by_compounds>))
+ * ((<get_pathways_by_glycans>))
+ * ((<get_pathways_by_reactions>))
+ * ((<get_pathways_by_kos>))
+ * ((<パスウェイ間の関係>))
+ * ((<get_linked_pathways>))
* ((<GENES>))
* ((<get_genes_by_organism>))
* ((<GENOME>))
* ((<get_number_of_genes_by_organism>))
* ((<LIGAND>))
* ((<convert_mol_to_kcf>))
+ * ((<search_compounds_by_name>))
+ * ((<search_drugs_by_name>))
+ * ((<search_glycans_by_name>))
+ * ((<search_compounds_by_composition>))
+ * ((<search_drugs_by_composition>))
+ * ((<search_glycans_by_composition>))
+ * ((<search_compounds_by_mass>))
+ * ((<search_drugs_by_mass>))
+ * ((<search_glycans_by_mass>))
+ * ((<search_compounds_by_subcomp>))
+ * ((<search_drugs_by_subcomp>))
+ * ((<search_glycans_by_kcam>))
== イントロダクション
ウェブサービスとは、クライアントからの要求をインターネットを介してサーバに
送り、サーバがプログラムの実行結果をクライアントに返す仕組みで、一般的には
@@ -160,17 +181,17 @@
#!/usr/bin/env ruby
require 'soap/wsdlDriver'
wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
- serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_driver
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
serv.generate_explicit_type = true # SOAP と Ruby の型変換を有効にする
- start = 1
- max_results = 5
+ offset = 1
+ limit = 5
- top5 = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', start, max_results)
+ top5 = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', offset, limit)
top5.each do |hit|
print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
end
プログラムの中で 'get_best_neighbors_by_gene' は、KEGG の SSDB データ
@@ -183,40 +204,42 @@
eco:b0002 sfl:SF0002 5271
eco:b0002 ecc:c0003 5269
うまく動かない場合は、
- serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_driver
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
serv.wiredump_dev = STDERR # ←この行を書き足す
serv.generate_explicit_type = true
のように wiredump_dev に STDERR を指定した行を追加して実行することで、
サーバとのやり取りが標準エラーに出力されます。
KEGG API v3.0 から、サーバの負担を軽くしたりタイムアウトを防ぐ目的で、
-大量の結果を返すメソッドには start, max_results 引数が導入され、一度に
-得られる結果の数が制限されるようになりました。このため、これらのメソッ
-ドで全ての結果を得るためにはループを用いる必要があります。
+大量の結果を返すメソッドには offset, limit 引数が導入され、一度に
+得られる結果の数が制限されるようになりました（KEGG API v3.0〜v5.0 では
+それぞれ start, max_results と呼ばれていましたが、KEGG API v6.0 で
+offset, limit に名称変更しました）。このため、これらのメソッドで
+全ての結果を得るためにはループを用いる必要があります。
#!/usr/bin/env ruby
require 'soap/wsdlDriver'
wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
- serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_driver
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
serv.generate_explicit_type = true
- start = 1
- max_results = 100
+ offset = 1
+ limit = 100
loop do
- results = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', start, max_results)
+ results = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', offset, limit)
break unless results # 結果が返ってこなければ終了
results.each do |hit|
print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
end
- start += max_results
+ offset += limit
end
WSDL を用いているため、これらの例でも Ruby の場合は十分に簡単に書けま
すが、((<BioRuby|URL:http://bioruby.org/>)) を使うとさらにスッキリ書く
ことができます。
@@ -297,11 +320,12 @@
=== Perl の場合
Perl では、以下のライブラリを追加インストールしておく必要があります。
- * ((<SOAP::Lite|URL://soaplite.com/>))
+ * ((<SOAP::Lite|URL://www.soaplite.com/>)) (Ver. 0.60 で動作確認)
+ * 注：現在 0.60 より新しいバージョンではいくつかのメソッドが使えないようです
* ((<MIME-Base64|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/MIME-Base64/>))
* ((<libwww-perl|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/libwww-perl/>))
* ((<URI|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/URI/>))
以下、Ruby の最初の例と同じ処理を実行するサンプルコードです。
@@ -312,14 +336,14 @@
$wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
$serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
- $start = 1;
- $max_results = 5;
+ $offset = 1;
+ $limit = 5;
- $top5 = $serv->get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', $start, $max_results);
+ $top5 = $serv->get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', $offset, $limit);
foreach $hit (@{$top5}) {
print "$hit->{genes_id1}\t$hit->{genes_id2}\t$hit->{sw_score}\n";
}
@@ -360,11 +384,79 @@
print $result;
のようになります。
+=== Perl の注意点
+KEGG API には文字列や数値の配列を引数に取るメソッドがいくつかありますが、
+利用する SOAP::Lite のバージョンに応じて、必ず以下のどちらかの対処が必要です。
+
+==== SOAP::Lite v0.60 まで
+
+Perl の配列 (array) オブジェクトを引数として KEGG API に渡す場合は、
+必ず以下のように SOAP オブジェクトに明示的に変換する必要があります。
+
+ SOAP::Data->type(array => [value1, value2, ... ])
+
+==== SOAP::Lite v0.61 以降
+
+SOAP::Lite v0.68 まではバグがありますので v0.69 以降の利用をお勧めします。
+
+Perl の文字列 (string) や数値 (int) の配列 (array) オブジェクトを
+ArrayOfstring や ArrayOfint 型の SOAP オブジェクトに変換する
+サブルーチンを自前で追加する必要があります。
+
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfstring{
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
+
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
+ }
+
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfint{
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
+ }
+
+また、スクリプト中にこの定義を書いておくことで、
+
+ $genes = SOAP::Data->type(array => ["eco:b1002", "eco:b2388"]);
+
+ではなく
+
+ $genes = ["eco:b1002", "eco:b2388"];
+
+のように省略して書くことができるようになります（省略しなくても構いません）。
+
+==== テストプログラム
+
+SOAP::Lite v0.69 で ArrayOfstring の変換がうまく働いているかどうかは
+以下のプログラムでテストできます。画像の URL が表示されれば OK です。
+
+ #!/usr/bin/env perl
+
+ use SOAP::Lite +trace => [qw(debug)];
+
+ print "SOAP::Lite = ", $SOAP::Lite::VERSION, "\n";
+
+ my $serv = SOAP::Lite -> service("http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl");
+
+ my $result = $serv->mark_pathway_by_objects("map:eco00010", $genes);
+ print $result, "\n";
+
+ # sub routines implicitly used in the above code
+
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfstring{
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
+ }
+
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfint{
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
+ }
+
=== Python の場合
Python では以下のライブラリを追加インストールしておく必要があります。
* ((<SOAPpy|URL:http://pywebsvcs.sourceforge.net/>))
@@ -383,11 +475,10 @@
serv = WSDL.Proxy(wsdl)
results = serv.get_genes_by_pathway('path:eco00020')
print results
-
=== Java の場合
Java では Apache Axis ライブラリの axis-1.2alpha より新しいバージョン
(axis-1_1 ではうまく動きません）を入手して、必要な jar ファイルを適切
なディレクトリに置いておく必要があります。
@@ -483,11 +574,10 @@
他の戻り値と型ごとの値の取り出し方などについては、WSDL2Java により生成
された以下のドキュメントを参照してください。
* ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_javadoc_ja/>))
-
== KEGG API リファレンス
以下では、KEGG API を使うのに必要な情報と全てのメソッドを解説します。
=== WSDL ファイル
@@ -515,21 +605,24 @@
リストについては list_databases メソッドを参照してください。
* entry_id は db_name とエントリ名を ':' で結合した全てのデータベース間で
ユニークな ID です。たとえば embl:J00231 で EMBL のエントリ J00231 を
指します。entry_id は、以下の genes_id, enzyme_id, compound_id,
- glycan_id, reaction_id, pathway_id, motif_id などを含みます。
+ drug_id, glycan_id, reaction_id, pathway_id, motif_id などを含みます。
* genes_id は keggorg と遺伝子名を ':' で結合した KEGG の遺伝子 ID です。
eco:b0001 は大腸菌の遺伝子 b0001 を指します。
* enzyme_id は ec: をつけた酵素番号の ID です。ec:1.1.1.1 は酵素番号
1.1.1.1 の酵素であるアルコール・デヒドロゲナーゼを指します。
* compound_id は cpd: をつけた化合物の ID です。cpd:C00158 は化合物番号
C00158 の化合物であるクエン酸を指します。
+ * drug_id は dr: をつけた化合物の ID です。dr:D00201 はドラッグ番号
+ D00201 のドラッグであるテトラサイクリンを指します。
+
* glycan_id は gl: をつけた化合物の ID です。gl:G00050 は糖鎖番号
G00050 の糖鎖である Paragloboside を指します。
* reaction_id は REACTION データベースのエントリ番号で、rn:R00959 は
リアクション番号 R00959 の反応 (cpd:C00103 と cpd:00668 間の変換) を
@@ -553,21 +646,24 @@
'01110' は Carbohydrate Metabolism クラスになります。
KO クラスや KO 番号のリストは以下のページを参照してください。
* ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/get_htext?KO>))
- * start, max_results は一度に返ってくる結果の数を指定するオプションで、
- start 番目から max_results 個の結果を受け取ります。全ての結果を得るには
- start = start + max_results として空の配列が返ってくるまで繰り返し
+ * offset, limit は一度に返ってくる結果の数を指定するオプションで、
+ offset 番目から limit 個の結果を受け取ります。全ての結果を得るには
+ offset = offset + limit として空の配列が返ってくるまで繰り返し
メソッドを呼びます。
* fg_color_list はパスウェイへの色づけでオブジェクトごとに文字や枠線の
色を指定する配列です。
* fg_color_list はパスウェイへの色づけでオブジェクトごとに背景の
色を指定する配列です。
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg3.html>))
+
=== 戻り値のデータ型
KEGG API のメソッドは文字列など単純な値を返すものだけでなく、複雑なデータ
構造を持った値を返す場合もあり、そのためのデータ型が定義されています。
API のメソッドによる（検索などの）結果がなかった場合、型によって以下の
@@ -638,31 +734,72 @@
複数の LinkDBRelation 型データを含む配列です。
+ PathwayElement 型
+パスウェイ上に描かれている個々の箱や丸などのオブジェクトを表すデータ型です。
+
element_id パスウェイ上のオブジェクトを指すユニークな ID (int)
type オブジェクトの種類 ("gene", "enzyme" など) (string)
names オブジェクトにつけられた名前のリスト (ArrayOfstring)
components グループの場合など含まれるオブジェクトのリスト (ArrayOfint)
+ ArrayOfPathwayElement 型
複数の PathwayElement 型データを含む配列です。
++ PathwayElementRelation 型
+PathwayElement 間の関係を表すデータ型です。
+
+ element_id1 パスウェイ上のオブジェクトを指すユニークな ID (int)
+ element_id2 パスウェイ上のオブジェクトを指すユニークな ID (int)
+ type 関係の種類 ("ECrel", "maplink" など) (string)
+ subtypes 関係に関わるオブジェクトの配列 (ArrayOfSubtype)
+
++ ArrayOfPathwayElementRelation 型
+
+複数の PathwayElementRelation 型データを含む配列です。
+
+++ Subtype 型
+
+PathwayElementRelation 型の中で使われる子要素で、PathwayElement 間を
+関係づけるオブジェクト（化合物など）を表すデータ型です。
+
+ element_id パスウェイ上のオブジェクトを指すユニークな ID (int)
+ relation 関係の種別 ("compound", "inhibition" など) (string)
+ type 関係の記号 ("+p", "--|" など) (string)
+
+++ ArrayOfSubtype 型
+
+複数の PathwayElementRelation 型データを含む配列です。
+
++ StructureAlignment 型
+
+ユーザの指定した化学構造とデータベース中の構造を比較した時の
+アラインメントのスコアと対応するノード（元素）のリストを表す
+データ型です。
+
+ target_id 構造比較対象のエントリ ID (string)
+ score 構造比較のスコア (float)
+ query_nodes 入力構造中でアラインメントされたノード番号 (ArrayOfint)
+ target_nodes 対象構造中で対応するノード番号 (ArrayOfint)
+
++ ArrayOfStructureAlignment 型
+
+複数の StructureAlignment 型データを含む配列です。
+
=== メソッド一覧
以下、KEGG API の全メソッドのリストです。メソッドにはメタ情報を返すものと
各データベースに対するものがあります。現在、KEGG にあるデータベースのうち
KEGG API の対象となっているものは SSDB, PATHWAY, GENES, LIGAND です。これ
以外のデータベースへの対応やメソッドの追加も順次おこなう予定です。
以下の例では、引数などが Ruby 言語の表記に倣って書かれていますが、実際の
引数（特にリストの渡し方など）は使用する言語によって異なる可能性があります。
-
==== メタ情報
最新のデータベース情報などを返すためのメソッドです。
--- list_databases
@@ -670,34 +807,46 @@
KEGG を提供しているゲノムネットで現在利用できるデータベースの一覧を返します。
戻値：
ArrayOfDefinition (db, definition)
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget/>))
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/about_genomenet/service.html>)) (section 2.2)
+
--- list_organisms
現在 KEGG に含まれている生物種 (org) のリストを返します。
戻値：
ArrayOfDefinition (org, definition)
---- list_pathways(org)
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html>))
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/get_htext?Organisms+-n>))
+--- list_pathways(string:org)
+
現在 KEGG に含まれている指定した生物のパスウェイのリストを返します。引数に
'map' という文字列を与えるとリファレンスパスウェイのリストを返します。
戻値：
ArrayOfDefinition (pathway_id, definition)
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/pathway.html>))
==== DBGET
DBGET システムに対するメソッドの一覧です。DBGET について詳しくは以下の
ページを参照してください。
+関連 URL：
* ((<URL:http://www.genome.jp/dbget/dbget_manual.html>))
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/binfo>))
---- binfo(string)
+--- binfo(string:db)
指定したデータベースのエントリ数や更新日など詳しい最新情報を返します。
'all' を渡すと利用可能な全てのデータベースの情報を返します。
binfo コマンドへの引数を文字列で渡します。
@@ -708,11 +857,11 @@
# GenBank データベースの最新情報
binfo('gb')
# 全てのデータベースの最新情報
binfo('all')
---- bfind(string)
+--- bfind(string:str)
DBGET の bfind コマンドへのラッパーです。キーワードによりエントリを
検索することができます。一度に与えられるキーワードの数は 100 個以下に
制限されています。
@@ -722,11 +871,11 @@
例：
# デフィニションに E-cadherin と human を持つ GenBank のエントリを検索
bfind("gb E-cadherin human")
---- bget(string)
+--- bget(string:str)
指定した entry_id のエントリを返します。GENES の遺伝子エントリをはじめ、
ゲノムネットの DBGET システムで提供されている様々なデータベース
(list_databases を参照) のエントリを全て取得できます。bget コマンドへの
コマンドラインオプションを文字列で渡します。一度に取得できるエントリの
@@ -741,11 +890,11 @@
# FASTA フォーマットのアミノ酸配列を取得
bget("-f -n a eco:b0002 bsu:BG10065")
# FASTA フォーマットの塩基配列を取得
bget("-f -n n eco:b0002 hin:tRNA-Cys-1")
---- btit(string)
+--- btit(string:str)
DBGET の btit コマンドへのラッパーです。指定したエントリの ID に対応す
るデフィニションを返します。一度に与えられるエントリの数は 100 個以下に
制限されています。
@@ -754,27 +903,46 @@
例：
# これら４つの遺伝子のデフィニションを検索
btit("hsa:1798 mmu:13478 dme:CG5287-PA cel:Y60A3A.14")
---- bconv(string)
+--- bconv(string:str)
-外部データベースの ID を KEGG の ID に変換します。対応している外部データ
-ベースは NCBI Gene ID, NCBI GI, GenBank ID, UniProt ID です。
+外部データベースの ID を KEGG の ID に変換します。
結果は、１行毎に問い合わせ ID と変換 ID のタブ切り文字列として返されます。
+現在、以下の外部データベースに対応しています。
+ 外部データベース データベース名の prefix
+ ---------------- -----------------------
+ NCBI GI ncbi-gi:
+ NCBI GeneID ncbi-geneid:
+ GenBank genbank:
+ UniGene unigene:
+ UniProt uniprot:
+ OMIM omim:
+
+たとえば UniProt ID は、すでに KEGG GENES に記載されている UniProt
+へのリンクの他、EBI の Genome Reviews に記載されている UniProt ID
+とローカスタグ ID の対応を用いて、NCBI と共通のローカスタグ ID と
+KEGG GENES の対応表をもとに変換されています。
+
戻値：
string
例：
# NCBI GI と Gene ID を KEGG genes_id に変換
serv.bconv("ncbi-gi:10047086 ncbi-gi:10047090 ncbi-geneid:14751")
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/genes.html>)) (Gene name conversion)
+
==== LinkDB
---- get_linkdb_by_entry(entry_id, db, start, max_results)
++ データベース間のリンク
+--- get_linkdb_by_entry(string:entry_id, string:db, int:offset, int:limit)
+
指定した entry_id から直接または間接的にリンクされているエントリの経路を、
db で指定したデータベースにたどれるまで検索します。
戻値：
ArrayOfLinkDBRelation
@@ -782,148 +950,172 @@
例：
# E. coli の遺伝子 b0002 からリンクのたどれる KEGG/PATHWAY のエントリを検索
get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 1, 10)
get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 11, 10)
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/www_linkdb>)) (Single entry to database)
+
+--- get_linkdb_between_databases(string:from_db, string:to_db, int:offset, int:limit)
+
+指定した２つのデータベースで、エントリ間のリンクを全て検索します。
+
+戻値：
+ ArrayOfLinkDBRelation
+
+例：
+ # 大腸菌の KEGG GENES と KEGG PATHWAY の間のリンクを全て検索
+ get_linkdb_between_databases("eco", "pathway", 1, 100)
+
+ # Ruby で取得したリンクの中を表示する例
+ links = get_linkdb_between_databases("eco", "pathway", 1, 100)
+ links.each do |link|
+ puts link.entry_id1 # => "eco:b0084"
+ puts link.entry_id2 # => "path:map00550"
+ puts link.type # => "indirect"
+ puts link.path # => "eco->ec->path"
+ end
+
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/www_linkdb>)) (Database to database)
+
+ 遺伝子と酵素番号の関係
---- get_genes_by_enzyme(enzyme_id, org)
+--- get_genes_by_enzyme(string:enzyme_id, string:org)
対象生物種において、指定した酵素番号を持つ遺伝子のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (genes_id)
例：
# 酵素番号 1.1.1.1 を持つ大腸菌の遺伝子のリスト
get_genes_by_enzyme('ec:1.1.1.1', 'eco')
---- get_enzymes_by_gene(genes_id)
+--- get_enzymes_by_gene(string:genes_id)
指定した遺伝子に対応する酵素番号のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (enzyme_id)
例：
# 大腸菌遺伝子 'eco:b0002' の酵素番号のリスト
get_enzymes_by_gene(eco:b0002)
-
+ 酵素、化合物、リアクションの関係
---- get_enzymes_by_compound(compound_id)
+--- get_enzymes_by_compound(string:compound_id)
指定した化合物に対応する酵素番号のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (compound_id)
例：
# 化合物 'cpd:C00345' の代謝に関わる酵素のリスト
get_enzymes_by_compound('cpd:C00345')
---- get_enzymes_by_glycan(compound_id)
+--- get_enzymes_by_glycan(string:compound_id)
指定した糖鎖に対応する酵素番号のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (glycan_id)
例：
# 糖鎖 'gl:G00001' の代謝に関わる酵素のリスト
get_enzymes_by_glycan('gl:G00001')
---- get_enzymes_by_reaction(reaction_id)
+--- get_enzymes_by_reaction(string:reaction_id)
指定したリアクション番号に対応する酵素番号のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (reaction_id)
例：
# リアクション番号 R00100 を持つ酵素のリスト
get_enzymes_by_reaction('rn:R00100')
---- get_compounds_by_enzyme(enzyme_id)
+--- get_compounds_by_enzyme(string:enzyme_id)
指定した酵素番号に対応する化合物のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (compound_id)
例：
# 酵素番号 'ec:2.7.1.12' の代謝に関わる化合物のリスト
get_compounds_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
---- get_compounds_by_reaction(reaction_id)
+--- get_compounds_by_reaction(string:reaction_id)
指定したリアクションに対応する化合物のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (compound_id)
例：
# リアクション番号 'rn:R00100' の反応に関わる化合物のリスト
get_compounds_by_reaction('rn:R00100')
---- get_glycans_by_enzyme(enzyme_id)
+--- get_glycans_by_enzyme(string:enzyme_id)
指定した酵素番号に対応する糖鎖のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (glycan_id)
例：
# 酵素番号 'ec:2.4.1.141' の代謝に関わる糖鎖のリスト
get_glycans_by_enzyme('ec:2.4.1.141')
---- get_glycans_by_reaction(reaction_id)
+--- get_glycans_by_reaction(string:reaction_id)
指定したリアクションに対応する糖鎖のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (glycan_id)
例：
# リアクション番号 'rn:R06164' の反応に関わる糖鎖のリスト
get_glycans_by_reaction('rn:R06164')
---- get_reactions_by_enzyme(enzyme_id)
+--- get_reactions_by_enzyme(string:enzyme_id)
指定した酵素番号に対応するリアクションのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (reaction_id)
例：
# 酵素番号 'ec:2.7.1.12' の反応に関わるリアクション番号のリスト
get_reactions_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
---- get_reactions_by_compound(compound_id)
+--- get_reactions_by_compound(string:compound_id)
指定した化合物に対応するリアクションのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (reaction_id)
例：
# 化合物 'cpd:C00199' の触媒反応に関わるリアクション番号のリスト
get_reactions_by_compound('cpd:C00199')
---- get_reactions_by_glycan(glycan_id)
+--- get_reactions_by_glycan(string:glycan_id)
指定した糖鎖に対応するリアクションのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (reaction_id)
例：
# 糖鎖 'gl:G00001' の触媒反応に関わるリアクション番号のリスト
get_reactions_by_glycan('gl:G00001')
-
==== SSDB
SSDB データベースに対するメソッドの一覧です。SSDB は KEGG/GENES に含まれる
全生物種・全遺伝子間で ssearch を用いた Smith-Waterman アルゴリズムに
よる検索を行った結果と、全遺伝子のモチーフ検索結果を登録したデータベースで、
@@ -935,26 +1127,12 @@
SSDB データベースについて詳しくは以下のページを参照してください。
* ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/ssdb/>))
-#--- get_neighbors_by_gene(genes_id, org, start, max_results)
-#
-#指定した genes_id の遺伝子にホモロジーのある全遺伝子を指定した生物から
-#検索します。また org に 'all' を指定すると全生物種から検索します。
-#
-#戻値：
-# ArrayOfSSDBRelation
-#
-#例：
-# # 大腸菌の遺伝子 b0002 に相同性のある遺伝子を全て検索して、結果の１番
-# # から１０番目までを返します
-# get_neighbors_by_gene('eco:b0002', 'all' 1, 10)
-# # 次の１０個を start = start + max_results として取ります
-# get_neighbors_by_gene('eco:b0002', 'all' 11, 10)
---- get_best_best_neighbors_by_gene(genes_id, start, max_results)
+--- get_best_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
クエリとターゲットが best-best の関係にある遺伝子だけを検索します。
戻値：
ArrayOfSSDBRelation
@@ -962,11 +1140,11 @@
例：
# 大腸菌の遺伝子 b0002 から全生物種で best-best の関係にある遺伝子
get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
---- get_best_neighbors_by_gene(genes_id, start, max_results)
+--- get_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
クエリから見てベストヒットの関係にある遺伝子だけを検索します。
戻値：
ArrayOfSSDBRelation
@@ -974,11 +1152,11 @@
例：
# 大腸菌の遺伝子 b0002 から全生物種で best neighbor の関係にある遺伝子
get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
---- get_reverse_best_neighbors_by_gene(genes_id, start, max_results)
+--- get_reverse_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
ターゲット側の生物種から見てクエリがベストヒットとなる遺伝子を検索します。
戻値：
ArrayOfSSDBRelation
@@ -986,11 +1164,11 @@
例：
# 大腸菌の遺伝子 b0002 が reverse best neighbor の関係にある遺伝子
get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
---- get_paralogs_by_gene(genes_id, start, max_results)
+--- get_paralogs_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
クエリと同じ生物種内でパラログ遺伝子を検索します。
戻値：
ArrayOfSSDBRelation
@@ -998,25 +1176,14 @@
例：
# 大腸菌の遺伝子 b0002 とパラログの関係にある遺伝子
get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
-#--- get_similarity_between_genes(genes_id1, genes_id2)
-#
-#指定した２つの遺伝子間の Smith-Waterman スコアを含むデータを返します。
-#
-#戻値：
-# SSDBRelation
-#
-#例：
-# # 大腸菌の b0002 遺伝子と b3940 遺伝子間のスコアやアライメント領域を得る
-# get_similarity_between_genes('eco:b0002', 'eco:b3940')
-
==== Motif
---- get_motifs_by_gene(genes_id, db)
+--- get_motifs_by_gene(string:genes_id, string:db)
指定した遺伝子に存在するモチーフのリストを返します。モチーフデータベース
のリストには、Pfam (pfam), TIGRFAM (tfam), PROSITE pattern (pspt), PROSITE
profile (pspf) またはこれら全て (all) を指定出来ます。
@@ -1025,11 +1192,11 @@
例：
# 大腸菌の遺伝子 b0002 持つPfamモチーフのリスト
get_motifs_by_gene('eco:b0002', 'pfam')
---- get_genes_by_motifs(motif_id_list, start, max_results)
+--- get_genes_by_motifs([string]:motif_id_list, int:offset, int:limit)
指定したモチーフを全て持つ遺伝子を検索します。
戻値：
ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
@@ -1038,62 +1205,51 @@
# Pfam の DnaJ と Prosite の DNAJ_2 にヒットする遺伝子を検索
list = ['pf:DnaJ', 'ps:DNAJ_2']
get_genes_by_motifs(list, 1, 10)
get_genes_by_motifs(list, 11, 10)
+==== KO
-==== KO, OC, PC
-
KO (KEGG orthology), OC (KEGG ortholog cluster), PC (KEGG paralog cluster) の
情報を得るためのメソッドです。KO はキュレーションされたオーソログ遺伝子群、
OC と PC は機械的にクラスタリングされた相同性のある遺伝子群のデータベースです。
---- get_ko_by_gene(genes_id)
+--- get_ko_by_gene(string:genes_id)
指定した遺伝子にアサインされている KO のエントリ番号を全て返します。
戻値：
ArrayOfstring (ko_id)
例：
# eco:b0002 遺伝子にアサインされている KO のリスト
get_ko_by_gene('eco:b0002')
-#--- get_ko_members(ko_id)
-#
-#指定した ko_id の KO エントリに含まれる遺伝子のリストを返します。
-#
-#戻値：
-# ArrayOfstring (genes_id)
-#
-#例：
-# # KO 番号 K02208 のアサインされている遺伝子のリスト
-# get_ko_by_gene('ko:K02598')
---- get_ko_by_ko_class(ko_class_id)
+--- get_ko_by_ko_class(string:ko_class_id)
指定した ko_class_id に含まれる ko_id のリストを返します。
戻値：
ArrayOfDefinition (ko_id)
例：
# KO class '01196' に含まれる KO のリスト
get_ko_by_ko_class('01196')
---- get_genes_by_ko_class(ko_class_id, org, start, max_results)
+--- get_genes_by_ko_class(string:ko_class_id, string:org, int:offset, int:limit)
指定した生物種の ko_class_id に含まれる遺伝子のリストを返します。
戻値：
ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
例：
# KO クラス '00930' に含まれるヒト遺伝子のリスト
get_genes_by_ko_class('00903', 'hsa' , 1, 100)
---- get_genes_by_ko(ko_id, org)
+--- get_genes_by_ko(string:ko_id, string:org)
指定した生物種の ko_id に含まれる遺伝子のリストを返します。
生物種コードに all を指定すると全生物種の遺伝子を返します。
戻値：
@@ -1104,46 +1260,26 @@
get_genes_by_ko('ko:K00010', 'eco')
# KO 番号 'K00010' に含まれる全生物種の遺伝子リスト
get_genes_by_ko('ko:K00010', 'all')
---- get_oc_members_by_gene(genes_id, start, max_results)
-指定した遺伝子と同じ OC に属する遺伝子のリストを返します。
-戻値：
- ArrayOfstring (genes_id)
-
-例：
- # eco:b0002 遺伝子と同じオーソログクラスターに含まれる遺伝子のリスト
- get_oc_members_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
- get_oc_members_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
-
---- get_pc_members_by_gene(genes_id, start, max_results)
-
-指定した遺伝子と同じ PC に属する遺伝子のリストを返します。
-
-戻値：
- ArrayOfstring (genes_id)
-
-例：
- # eco:b0002 遺伝子と同じパラログクラスターに含まれる遺伝子のリスト
- get_pc_members_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
- get_pc_members_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
-
-
==== PATHWAY
PATHWAY データベースに対するメソッドの一覧です。PATHWAY データベースに
ついて詳しくは以下のページを参照してください。
* ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#pathway>))
+ パスウェイへの色づけ
---- mark_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list)
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html>))
+--- mark_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list)
+
指定した生物種で、与えられたパスウェイマップの与えられたオブジェクト
（遺伝子、化合物、酵素番号）の対応する枠に色をつけた画像を生成、
画像の URL を返します。
戻値：
@@ -1153,11 +1289,11 @@
# 大腸菌のパスウェイ path:eco00260 上の遺伝子 eco:b0002 と Homoserine
# の cpd:C00263 に対応するボックスを赤く着色した画像の URL
obj_list = ['eco:b0002', 'cpd:C00263']
mark_pathway_by_objects('path:eco00260', obj_list)
---- color_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list, fg_color_list, bg_color_list)
+--- color_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
指定したパスウェイの与えられたオブジェクト（遺伝子、化合物、酵素）に対し、
文字と枠に fg_color_list で指定した色、背景に bg_color_list で指定した色を
つけた画像を生成、画像の URL を返します。object_id_list と fg_color_list,
bg_color_list の要素の数と順番を揃えるように注意する必要があります。
@@ -1172,11 +1308,11 @@
obj_list = ['eco:b0207', 'eco:b1300']
fg_list = ['blue', '#00ff00']
bg_list = ['#ff0000', 'yellow']
color_pathway_by_objects('path:eco00053', obj_list, fg_list, bg_list)
---- color_pathway_by_elements(pathway_id, element_id_list, fg_color_list, bg_color_list)
+--- color_pathway_by_elements(string:pathway_id, [int]:element_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
指定した element_id に対応するパスウェイ上のオブジェクト（長方形や丸など）
に対し、文字と枠に fg_color_list で指定した色、背景に bg_color_list で
指定した色をつけた画像を生成、画像の URL を返します。object_id_list と
fg_color_list, bg_color_list の要素の数と順番を揃えるように注意する
@@ -1211,11 +1347,11 @@
element_id_list = [ 78, 79, 51, 47 ]
fg_list = [ '#ff0000', '#0000ff', '#ff0000', '#0000ff' ]
bg_list = [ '#ffff00', '#ffff00', '#ffcc00', '#ffcc00' ]
color_pathway_by_elements('path:bsu00010', element_id_list, fg_list, bg_list)
---- get_html_of_marked_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list)
+--- get_html_of_marked_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list)
画像の代わりにクリッカブルマップを含む HTML ページの URL を返す
バージョンの 'mark_pathway_by_objects' メソッドです。
戻値：
@@ -1226,11 +1362,11 @@
# KO 番号 'ko:K01881' に赤色でマークをつけた画像のクリッカブルマップを
# 表示する HTML の URL を返す
obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
get_html_of_marked_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list)
---- get_html_of_colored_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list, fg_color_list, bg_color_list)
+--- get_html_of_colored_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
画像の代わりにクリッカブルマップを含む HTML ページの URL を返す
バージョンの 'color_pathway_by_objects' メソッドです。
戻値：
@@ -1243,11 +1379,11 @@
obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
fg_list = ['gray', '#00ff00', 'blue']
bg_list = ['#ff0000', 'yellow', 'orange']
get_html_of_colored_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list, fg_list, bg_list)
---- get_html_of_colored_pathway_by_elements(pathway_id, element_id_list, fg_color_list, bg_color_list)
+--- get_html_of_colored_pathway_by_elements(string:pathway_id, [int]:element_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
画像の代わりにクリッカブルマップを含む HTML ページの URL を返す
バージョンの 'color_pathway_by_elements' メソッドです。
戻値：
@@ -1263,13 +1399,42 @@
element_id_list = [ 78, 79, 51, 47 ]
fg_list = [ '#ff0000', '#0000ff', '#ff0000', '#0000ff' ]
bg_list = [ '#ffff00', '#ffff00', '#ffcc00', '#ffcc00' ]
color_pathway_by_elements('path:bsu00010', element_id_list, fg_list, bg_list)
++ パスウェイ上のオブジェクト間の関係
+
+--- get_element_relations_by_pathway(string:pathway_id)
+
+指定したパスウェイ上に載っているオブジェクト要素の間の関係を返します。
+パスウェイ上で矢印により描かれている関係を表し、KGML における
+<relation> に相当する情報（グラフ）を取得することができます。
+次の get_elements_by_pathway メソッドも参照。
+
+戻値：
+ ArrayOfPathwayElementRelation
+
+例：
+ # 枯草菌のパスウェイ path:bsu00010 上に載っている PathwayElement 間の
+ # 関係である PathwayElementRelation のリストを取得する。
+ relations = get_element_relations_by_pathway('path:bsu00010')
+
+ # 取得したリストの中身を表示する。
+ relations.each do |rel|
+ puts rel.element_id1
+ puts rel.element_id2
+ puts rel.type
+ rel.subtypes.each do |sub|
+ puts sub.element_id
+ puts sub.relation
+ puts sub.type
+ end
+ end
+
+ パスウェイ上のオブジェクト検索
---- get_elements_by_pathway(pathway_id)
+--- get_elements_by_pathway(string:pathway_id)
指定したパスウェイ上に載っているオブジェクト要素のリストを返します。
利用法については color_pathway_by_elements メソッドを参照してください。
戻値：
@@ -1290,11 +1455,11 @@
puts gene, elem.element_id
end
end
end
---- get_genes_by_pathway(pathway_id)
+--- get_genes_by_pathway(string:pathway_id)
指定したパスウェイ上に載っている遺伝子のリストを返します。生物種名は
pathway_id に含まれる keggorg で指定します。
戻値：
@@ -1302,114 +1467,115 @@
例：
# 大腸菌のパスウェイ 00020 番に載っている遺伝子のリスト
get_genes_by_pathway('path:eco00020')
---- get_enzymes_by_pathway(pathway_id)
+--- get_enzymes_by_pathway(string:pathway_id)
指定したパスウェイに載っている酵素番号のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (enzyme_id)
例：
# 大腸菌のパスウェイ 00020 番に載っている酵素番号のリスト
get_enzymes_by_pathway('path:eco00020')
---- get_compounds_by_pathway(pathway_id)
+--- get_compounds_by_pathway(string:pathway_id)
指定したパスウェイに載っている化合物のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (compound_id)
例：
# 大腸菌のパスウェイ 00020 に載っている化合物のリスト
get_compounds_by_pathway('path:eco00020')
---- get_glycans_by_pathway(pathway_id)
+--- get_glycans_by_pathway(string:pathway_id)
指定したパスウェイに載っている糖鎖のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (glycan_id)
例：
# 大腸菌のパスウェイ 00510 に載っている糖鎖のリスト
get_glycans_by_pathway('path:eco00510')
---- get_reactions_by_pathway(pathway_id)
+--- get_reactions_by_pathway(string:pathway_id)
指定したパスウェイに載っているリアクション番号のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (reaction_id)
例：
# 大腸菌のパスウェイ 00260 番に載っているリアクションのリスト
get_reactions_by_pathway('path:eco00260')
---- get_kos_by_pathway(pathway_id)
+--- get_kos_by_pathway(string:pathway_id)
指定したパスウェイに載っている KO 番号のリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (ko_id)
例：
# ヒトのパスウェイ 00010 に載っている KO 番号のリスト
get_kos_by_pathway('path:hsa00010')
-
-
+ オブジェクトからパスウェイ検索
---- get_pathways_by_genes(genes_id_list)
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/tool/search_pathway.html>))
+--- get_pathways_by_genes([string]:genes_id_list)
+
指定した遺伝子が全て載っているパスウェイのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (pathway_id)
例：
# 大腸菌の遺伝子 b0077 と b0078 が両方載っているパスウェイのリスト
get_pathways_by_genes(['eco:b0077', 'eco:b0078'])
---- get_pathways_by_enzymes(enzyme_id_list)
+--- get_pathways_by_enzymes([string]:enzyme_id_list)
指定した酵素番号が全て載っているパスウェイのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (pathway_id)
例：
# 酵素番号 1.3.99.1 の酵素が載っているパスウェイのリスト
get_pathways_by_enzymes(['ec:1.3.99.1'])
---- get_pathways_by_compounds(compound_id_list)
+--- get_pathways_by_compounds([string]:compound_id_list)
指定した化合物が全て載っているパスウェイのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (pathway_id)
例：
# 化合物 C00033 と C00158 が両方載っているパスウェイのリスト
get_pathways_by_compounds(['cpd:C00033', 'cpd:C00158'])
---- get_pathways_by_glycans(compound_id_list)
+--- get_pathways_by_glycans([string]:compound_id_list)
指定した糖鎖が全て載っているパスウェイのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (pathway_id)
例：
# 糖鎖 G00009 と G00011 が両方載っているパスウェイのリスト
get_pathways_by_glycans(['gl:G00009', 'gl:G00011'])
---- get_pathways_by_reactions(reaction_id_list)
+--- get_pathways_by_reactions([string]:reaction_id_list)
指定したリアクション番号が全て載っているパスウェイのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (pathway_id)
@@ -1417,11 +1583,11 @@
例：
# リアクション番号 rn:R00959, rn:R02740, rn:R00960, rn:R01786 の全ての
# 反応を含むパスウェイのリスト
get_pathways_by_reactions(['rn:R00959', 'rn:R02740', 'rn:R00960', 'rn:R01786'])
---- get_pathways_by_kos(ko_id_list, org)
+--- get_pathways_by_kos([string]:ko_id_list, string:org)
指定した生物の KO 番号が全て載っているパスウェイのリストを返します。
戻値：
ArrayOfstring (pathway_id)
@@ -1431,14 +1597,13 @@
get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'hsa')
# KO 番号 'ko:K00016' と 'ko:K00382' を含む全生物種のパスウェイのリスト
get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'all')
-
+ パスウェイ間の関係
---- get_linked_pathways(pathway_id)
+--- get_linked_pathways(string:pathway_id)
指定したパスウェイ番号のパスウェイからリンクされているパスウェイの
リストを返します。
戻値：
@@ -1446,67 +1611,224 @@
例：
# パスウェイ path:eco00620 からリンクされているパスウェイのリスト
get_linked_pathways('path:eco00620')
-
==== GENES
GENES データベースに対するメソッドの一覧です。GENES データベースについて
詳しくは以下のページを参照してください。
* ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genes>))
---- get_genes_by_organism(org, start, max_results)
+--- get_genes_by_organism(string:org, int:offset, int:limit)
-指定した生物種の全 GENES エントリのうち、start 番目から max_results 分の
+指定した生物種の全 GENES エントリのうち、offset 番目から limit 分の
結果を返します。
戻値：
ArrayOfstring (genes_id)
例：
# インフルエンザ菌の遺伝子リストを 100 個ずつ得る
get_genes_by_organism('hin', 1, 100)
get_genes_by_organism('hin', 101, 100)
-
==== GENOME
GENOME データベースに対するメソッドの一覧です。GENOME データベースについて
詳しくは以下のページを参照してください。
* ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genome>))
---- get_number_of_genes_by_organism(org)
+--- get_number_of_genes_by_organism(string:org)
指定した生物種が持つ遺伝子数を返します。
戻値：
int
例：
# 大腸菌が持つ遺伝子の数
get_number_of_genes_by_organism('eco')
-
==== LIGAND
LIGAND データベースに対するメソッドの一覧です。
---- convert_mol_to_kcf(mol_text)
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/ligand.html>))
+--- convert_mol_to_kcf(string:mol)
+
MOL フォーマットのエントリを KCF フォーマットに変換します。
戻値：
- String
+ string
例：
convert_mol_to_kcf(mol_str)
+--- search_compounds_by_name(string:name)
+化合物を名前で検索します。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring (compound_id)
+
+例：
+ search_compounds_by_name("shikimic acid")
+
+--- search_drugs_by_name(string:name)
+
+ドラッグを名前で検索します。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring (drug_id)
+
+例：
+ search_drugs_by_name("tetracyclin")
+
+--- search_glycans_by_name(string:name)
+
+糖鎖を名前で検索します。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring
+
+例：
+ search_glycans_by_name("Paragloboside")
+
+--- search_compounds_by_composition(string:composition)
+
+化合物を組成で検索します。
+組成は元素と個数をつなげた文字列で指定します。
+元素の順番は無関係です。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring (compound_id)
+
+例：
+ search_compounds_by_composition("C7H10O5")
+
+--- search_drugs_by_composition(string:composition)
+
+ドラッグを組成で検索します。
+組成は元素と個数をつなげた文字列で指定します。
+元素の順番は無関係です。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring (drug_id)
+
+例：
+ search_drugs_by_composition("HCl")
+
+--- search_glycans_by_composition(string:composition)
+
+糖鎖を組成で検索します。
+組成はカッコで括った糖と個数をスペースで区切った文字列で指定します。
+糖の順番は自由です。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring
+
+例：
+ search_glycans_by_composition("(Man)4 (GalNAc)1")
+
+--- search_compounds_by_mass(float:mass, float:range)
+
+化合物を分子量で検索します。
+mass を中心として ±range の重さの化合物が検索されます。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring (compound_id)
+
+例：
+ search_compounds_by_mass(174.05, 0.1)
+
+--- search_drugs_by_mass(float:mass, float:range)
+
+ドラッグを分子量で検索します。
+mass を中心として ±range の重さのドラッグが検索されます。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring (drug_id)
+
+例：
+ search_drugs_by_mass(150, 1.0)
+
+--- search_glycans_by_mass(float:mass, float:range)
+
+糖鎖を分子量で検索します。
+mass を中心として ±range の重さの糖鎖が検索されます。
+
+戻値：
+ ArrayOfstring
+
+例：
+ search_glycans_by_mass(1200, 0.5)
+
+--- search_compounds_by_subcomp(string:mol, int:offset, int:limit)
+
+共通部分構造を持つ化合物を subcomp プログラムを使って検索します。
+
+アラインメントされた共通部分のノード番号が配列で返されるので、
+アラインメントされた化合物の構造を bget コマンドに "-f m"
+オプションをつけて MOL フォーマットで取得し、対応を確認します。
+
+戻値：
+ ArrayOfStructureAlignment
+
+例：
+ mol = bget("-f m cpd:C00111")
+ search_compounds_by_subcomp(mol, 1, 5)
+
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_compound>))
+
+--- search_drugs_by_subcomp(string:mol, int:offset, int:limit)
+
+共通部分構造を持つドラッグを subcomp プログラムを使って検索します。
+
+アラインメントされた共通部分のノード番号が配列で返されるので、
+アラインメントされたドラッグの構造を bget コマンドに "-f m"
+オプションをつけて MOL フォーマットで取得し、対応を確認します。
+
+戻値：
+ ArrayOfStructureAlignment
+
+例：
+ mol = bget("-f m dr:D00201")
+ search_drugs_by_subcomp(mol, 1, 5)
+
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_compound>))
+
+--- search_glycans_by_kcam(string:kcf, string:program, string:option, int:offset, int:limit)
+
+共通部分構造を持つ糖鎖を KCaM プログラムを使って検索します。
+
+引数の program には approximate マッチを行う "gapped" または
+exact マッチを行う "ungapped" を指定します。また option には
+"global" または "local" を指定します。
+
+アラインメントされた共通部分のノード番号が配列で返されるので、
+アラインメントされた糖鎖の構造を bget コマンドに "-f k"
+オプションをつけて KCF フォーマットで取得し、対応を確認します。
+
+戻値：
+ ArrayOfStructureAlignment
+
+例：
+ kcf = bget("-f k gl:G12922")
+ search_glycans_by_kcam(kcf, "gapped", "local", 1, 5)
+
+関連 URL：
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_glycan.cgi>))
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand/kcam/>))
+
== Notes
-Last updated: Feb 17, 2006
+Last updated: December 27, 2006
=end