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#alternatives Bio::DB::Vcf
#calculate_clusters Bio::Util::Gngm
#calculate_densities Bio::Util::Gngm
#calculate_signal Bio::Util::Gngm
#close Bio::Util::Gngm
#clusters Bio::Util::Gngm
#collect_threads Bio::Util::Gngm
#densities Bio::Util::Gngm
#discordant_chastity Bio::DB::Pileup
#draw_bands Bio::Util::Gngm
#draw_hit_count Bio::Util::Gngm
#draw_peaks Bio::Util::Gngm
#draw_signal Bio::Util::Gngm
#draw_threads Bio::Util::Gngm
#file Bio::Util::Gngm
#get_band Bio::Util::Gngm
#get_insert_size_frequency Bio::Util::Gngm
#get_insert_size_frequency_from_bam Bio::Util::Gngm
#gq Bio::DB::Vcf
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#hit_count Bio::Util::Gngm
#initialize Bio::Util::Gngm
#is_deletion? Bio::DB::Vcf
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#is_insertion? Bio::DB::Vcf
#is_snp? Bio::DB::Pileup
#mq Bio::DB::Vcf
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#non_ref_allele_freq Bio::DB::Vcf
#pass_quality? Bio::DB::Vcf
#peaks Bio::Util::Gngm
#pl Bio::DB::Vcf
#print_signal Bio::Util::Gngm
#second_non_ref_count Bio::DB::Pileup
#signal Bio::Util::Gngm
#snp_positions Bio::Util::Gngm
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#threads Bio::Util::Gngm
#to_s Bio::DB::Vcf
#top_non_ref_count Bio::DB::Pileup
#used_depth Bio::DB::Vcf
#variant? Bio::DB::Vcf