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# test/unit/bio/db/test_prosite.rb - Unit test for Bio::PROSITE
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# Copyright::  Copyright (C) 2005 Mitsuteru Nakao <n@bioruby.org>
# License::    The Ruby License
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#  $Id: test_prosite.rb,v 1.6 2007/04/05 23:35:43 trevor Exp $
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require 'pathname'
libpath = Pathname.new(File.join(File.dirname(__FILE__), ['..'] * 4, 'lib')).cleanpath.to_s
$:.unshift(libpath) unless $:.include?(libpath)

require 'test/unit'
require 'bio/db/prosite'

module Bio
  class TestPROSITEConst < Test::Unit::TestCase

    def test_delimiter
      assert_equal("\n//\n", Bio::PROSITE::DELIMITER)
      assert_equal("\n//\n", Bio::PROSITE::RS)
    end

    def test_tagsize
      assert_equal(5, Bio::PROSITE::TAGSIZE)
    end

  end # class TestPROSITEConst


  class TestPROSITE < Test::Unit::TestCase

    def setup
      bioruby_root = Pathname.new(File.join(File.dirname(__FILE__), ['..'] * 4)).cleanpath.to_s
      data = File.open(File.join(bioruby_root, 'test', 'data', 'prosite', 'prosite.dat')).read
      data = data.split(Bio::PROSITE::RS)[0]
      @obj = Bio::PROSITE.new(data)
    end

    def test_name
      assert_equal("G_PROTEIN_RECEP_F1_1", @obj.name)
    end

    def test_division
      data = "PATTERN"
      assert_equal(data, @obj.division)
    end

    def test_ac
      data = "PS00237"
      assert_equal(data, @obj.ac)
    end

    def test_dt
      assert_equal("APR-1990 (CREATED); NOV-1997 (DATA UPDATE); JUL-1998 (INFO UPDATE).", @obj.dt)
    end

    def test_de
      data = "G-protein coupled receptors family 1 signature."
      assert_equal(data, @obj.de)
    end

    def test_pa
      pattern = "[GSTALIVMFYWC]-[GSTANCPDE]-{EDPKRH}-x(2)-[LIVMNQGA]-x(2)-[LIVMFT]-[GSTANC]-[LIVMFYWSTAC]-[DENH]-R-[FYWCSH]-x(2)-[LIVM]."
      assert_equal(pattern, @obj.pa)
    end

    def test_ma
      assert_equal('', @obj.ma)
    end

    def test_ru
      assert_equal('', @obj.ru)
    end

    def test_nr
      data = {"FALSE_NEG"=>112, "POSITIVE"=>[1057, 1057], "PARTIAL"=>48, "FALSE_POS"=>[64, 64], "RELEASE"=>["40.7", 103373], "TOTAL"=>[1121, 1121], "UNKNOWN"=>[0, 0]}

      assert_equal(data, @obj.nr)
    end

    def test_release
      assert_equal(['40.7', 103373], @obj.release)
    end

    def test_swissprot_release_number
      assert_equal('40.7', @obj.swissprot_release_number)
    end

    def test_swissprot_release_sequences
      assert_equal(103373, @obj.swissprot_release_sequences)
    end

    def test_total
      assert_equal([1121, 1121], @obj.total)
    end

    def test_total_hits
      assert_equal(1121, @obj.total_hits)
    end

    def test_total_sequences
      assert_equal(1121, @obj.total_sequences)
    end
    
    def test_positive
      assert_equal([1057, 1057], @obj.positive)
    end

    def test_positive_hits
      assert_equal(1057, @obj.positive_hits)
    end

    def test_positive_sequences
      assert_equal(1057, @obj.positive_sequences)
    end
    
    def test_unknown
      assert_equal([0, 0], @obj.unknown)
    end

    def test_unknown_hits
      assert_equal(0, @obj.unknown_hits)
    end

    def test_unknown_sequences
      assert_equal(0, @obj.unknown_sequences)
    end

    def test_false_pos
      assert_equal([64, 64], @obj.false_pos)
    end

    def test_false_positive_sequences
      assert_equal(64, @obj.false_positive_sequences)
    end

    def test_false_neg
      assert_equal(112, @obj.false_neg)
    end

    def test_partial
      assert_equal(48, @obj.partial)
    end

    def test_cc
      assert_equal({"TAXO-RANGE"=>"??E?V", "MAX-REPEAT"=>"1"}, @obj.cc)
    end

    def test_taxon_range
      assert_equal('??E?V', @obj.taxon_range)
    end

    def test_max_repeat
      assert_equal(1, @obj.max_repeat)
    end
    
    def test_site
      assert_equal([0, nil], @obj.site)
    end

    def test_skip_flag
      assert_equal(nil, @obj.skip_flag)
    end

    def test_dr
      assert_equal(Hash, @obj.dr.class)
      data = ['OPSD_LIMBE', 'T']
      assert_equal(data, @obj.dr["O42427"])
    end

    def test_list_xref
      flag = ''
      assert_equal([], @obj.list_xref(flag))
    end

    def test_list_truepositive
      data = ["O42427",
 "P11617",
 "P46090",
 "P30939",
 "P28336",
 "Q9Z2J6",
 "Q64326",
 "P46092",
 "P07550",
 "Q9UKL2",
 "P30940",
 "P46093",
 "Q61224",
 "Q63384",
 "P46094",
 "Q28309",
 "P22328",
 "P46095",
 "O77590",
 "O02813",
 "Q9R1C8",
 "P22329",
 "O93441",
 "O42300",
 "Q10904",
 "O43613",
 "Q9Z0D9",
 "P18130",
 "O42301",
 "O43614",
 "P22330",
 "P22331",
 "Q9GLJ8",
 "O15552",
 "O43193",
 "P22332",
 "O43194",
 "Q9WV26",
 "Q9TST4",
 "Q62053",
 "P58307",
 "O42307",
 "Q9TST5",
 "P58308",
 "Q9TST6",
 "P41983",
 "P30951",
 "P41984",
 "O02824",
 "O88626",
 "P91657",
 "P30953",
 "P18825",
 "O62709",
 "O42574",
 "P30954",
 "Q28585",
 "O88628",
 "P30955",
 "P28221",
 "Q9WU02",
 "P28222",
 "P32299",
 "P70310",
 "P28223",
 "O76099",
 "P04201",
 "P35894",
 "Q15722",
 "P35895",
 "O93459",
 "P14416",
 "P35897",
 "P35898",
 "P35899",
 "P49578",
 "O42451",
 "P47745",
 "Q9Y5N1",
 "O42452",
 "P50052",
 "P47746",
 "O97878",
 "O02835",
 "Q09502",
 "Q28596",
 "O00254",
 "P31355",
 "P47747",
 "O97879",
 "O02836",
 "P31356",
 "P30966",
 "P79436",
 "P47748",
 "P87365",
 "P08099",
 "Q9JL21",
 "P47749",
 "P87366",
 "O18481",
 "P16582",
 "P87367",
 "P30968",
 "O97880",
 "P47750",
 "P87368",
 "Q62758",
 "P30969",
 "Q28468",
 "O97881",
 "Q09638",
 "P09703",
 "P87369",
 "O95918",
 "Q9TUE1",
 "O97882",
 "P22909",
 "P09704",
 "O18485",
 "O42327",
 "P47751",
 "P47883",
 "P18841",
 "O55193",
 "O97883",
 "O18486",
 "O42328",
 "P47884",
 "Q9EP86",
 "O42329",
 "O14626",
 "P48145",
 "P47887",
 "O08725",
 "P48146",
 "P30974",
 "O08858",
 "O18910",
 "O42330",
 "O55197",
 "O08726",
 "O70526",
 "P30975",
 "O18911",
 "Q28474",
 "O18912",
 "O70528",
 "O18913",
 "P34311",
 "O18914",
 "O42466",
 "O95371",
 "Q9WU25",
 "P47892",
 "P70596",
 "P33396",
 "P70597",
 "Q61130",
 "Q15743",
 "Q15612",
 "P51144",
 "P32745",
 "O00270",
 "Q00991",
 "Q9YGY9",
 "P29754",
 "Q9GZK3",
 "O02721",
 "Q9GZK4",
 "Q15615",
 "Q9Y5P1",
 "Q60613",
 "Q15062",
 "P29755",
 "Q9UKP6",
 "Q28905",
 "Q9YGZ0",
 "P47898",
 "Q60614",
 "P47899",
 "Q9GZK7",
 "Q9YGZ1",
 "Q9YGZ2",
 "O97504",
 "Q15619",
 "P30987",
 "Q9YGZ3",
 "Q9YGZ4",
 "Q93126",
 "Q15620",
 "Q9YGZ5",
 "P30989",
 "Q13725",
 "Q93127",
 "P16473",
 "P23749",
 "Q9YGZ6",
 "O54814",
 "O62743",
 "Q9YGZ7",
 "P52202",
 "Q15622",
 "Q9YGZ8",
 "P56514",
 "P30728",
 "O97772",
 "Q9YGZ9",
 "P30991",
 "P56515",
 "P30729",
 "Q9J529",
 "P56516",
 "P47774",
 "O62747",
 "P30992",
 "P35403",
 "P15823",
 "P47775",
 "Q9WUK7",
 "P30993",
 "O97512",
 "P35404",
 "P06002",
 "O08878",
 "P30730",
 "P30994",
 "O46635",
 "P35405",
 "P30731",
 "P21728",
 "P35406",
 "P42288",
 "P21729",
 "P35407",
 "P49217",
 "P31387",
 "P35408",
 "P42289",
 "O00155",
 "P31388",
 "O46639",
 "P48039",
 "Q64121",
 "P35409",
 "P49219",
 "P31389",
 "O18935",
 "Q9TU05",
 "P42290",
 "P21730",
 "P21731",
 "P18871",
 "P31390",
 "P42291",
 "P48040",
 "P31391",
 "P35410",
 "P20789",
 "Q13606",
 "P48042",
 "O42490",
 "P35411",
 "O88410",
 "P31392",
 "P29089",
 "Q13607",
 "P48043",
 "P35412",
 "P48044",
 "O89039",
 "P35413",
 "P30872",
 "O01668",
 "P35414",
 "P30873",
 "Q9YH00",
 "P79211",
 "P30874",
 "Q9YH01",
 "Q28927",
 "P30875",
 "Q9YH02",
 "P49912",
 "O08890",
 "P25100",
 "Q28928",
 "O95006",
 "Q9YH03",
 "P25101",
 "Q28929",
 "O95007",
 "O15218",
 "O88680",
 "Q9YH04",
 "O08892",
 "Q05394",
 "P79901",
 "Q9YH05",
 "P25102",
 "P33032",
 "Q64264",
 "Q9ERZ3",
 "P79902",
 "P25103",
 "P79217",
 "Q9UGF5",
 "Q9ERZ4",
 "Q9N2A2",
 "P79903",
 "P13945",
 "P25104",
 "P79218",
 "P33033",
 "Q9UGF6",
 "Q9N2A3",
 "P25105",
 "O97661",
 "O70431",
 "P79350",
 "Q9UGF7",
 "Q9N2A4",
 "P48974",
 "P25106",
 "O97663",
 "P03999",
 "P16235",
 "O95013",
 "P22269",
 "O97665",
 "P26684",
 "P97468",
 "P47798",
 "O97666",
 "P22270",
 "O18821",
 "P47799",
 "P49922",
 "Q61038",
 "P51050",
 "P25929",
 "P49238",
 "Q28807",
 "P28285",
 "P79911",
 "P28286",
 "P13953",
 "Q19084",
 "O61303",
 "P04000",
 "P25930",
 "P04001",
 "Q9NPB9",
 "P25931",
 "Q9R1K6",
 "P42866",
 "P56412",
 "P79914",
 "Q61041",
 "Q9GK74",
 "P25115",
 "P04950",
 "P25116",
 "P19020",
 "P18762",
 "O12948",
 "Q26495",
 "Q09561",
 "Q25157",
 "P70115",
 "O77830",
 "Q83207",
 "P02699",
 "O12000",
 "Q01717",
 "Q25158",
 "P29403",
 "P50406",
 "Q01718",
 "P29404",
 "O42384",
 "P50407",
 "P79234",
 "O42385",
 "O02769",
 "Q17232",
 "P79236",
 "P21761",
 "P79237",
 "P04274",
 "Q28003",
 "O75388",
 "P24603",
 "Q9TUK4",
 "P53452",
 "P08588",
 "Q28005",
 "P43240",
 "Q61184",
 "O08786",
 "P79240",
 "P53453",
 "Q13639",
 "Q9Y3N9",
 "Q9UP62",
 "P18089",
 "P53454",
 "P79928",
 "P79242",
 "Q01726",
 "P24053",
 "P79243",
 "Q17239",
 "Q01727",
 "Q14330",
 "P18090",
 "Q9R024",
 "O62791",
 "O02777",
 "P43114",
 "O62792",
 "P79113",
 "O77713",
 "O08790",
 "O62793",
 "P54833",
 "P43116",
 "O62794",
 "Q61614",
 "O77715",
 "Q00788",
 "P43117",
 "O42266",
 "O62795",
 "O88319",
 "Q03566",
 "P43118",
 "O62796",
 "O02781",
 "O08530",
 "P43119",
 "O42268",
 "P16395",
 "O62798",
 "Q9DDN6",
 "P05363",
 "P30518",
 "O13227",
 "Q9GZQ6",
 "P43252",
 "O18982",
 "P43253",
 "P79807",
 "O18983",
 "P79808",
 "O77721",
 "O35786",
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 "P56439",
 "P79809",
 "P20309",
 "O77723",
 "P56440",
 "Q28838",
 "P55919",
 "Q9UHM6",
 "Q9TT23",
 "P56441",
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 "Q63652",
 "P55920",
 "P56442",
 "P79812",
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 "P35462",
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 "P35463",
 "P56445",
 "O97571",
 "P79393",
 "P56446",
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 "P49144",
 "P56447",
 "P79394",
 "Q25188",
 "P49145",
 "P28190",
 "P56448",
 "P24628",
 "P56449",
 "O02664",
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 "Q9EQD2",
 "Q24563",
 "P33766",
 "Q90674",
 "O02666",
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 "O02667",
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 "P56451",
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 "Q28031",
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 "O14581",
 "P08483",
 "P25023",
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 "P25024",
 "P08485",
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 "P35344",
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 "P08911",
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 "P32306",
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 "P32307",
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 "Q18904",
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 "P30550",
 "O15973",
 "P35357",
 "P30551",
 "O77621",
 "P35358",
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 "P30552",
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 "P30553",
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 "P35360",
 "Q9MZV8",
 "P30556",
 "Q99788",
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    def test_list_unknown
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    end

    def test_pdoc_xref
      data = "PDOC00210"
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    end

    def test_pa2re
      pa = '[AC]-x-V-x(4)-{ED}.'
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    def test_self_pa2re
      pa = '[AC]-x-V-x(4)-{ED}.'
      assert_equal(/[AC].V.{4}[^ED]/i, Bio::PROSITE.pa2re(pa))
    end

  end # class TestPROSITE
end