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"\"if(window['d3'] === undefined ||\\n window['Nyaplot'] === undefined){\\n var path = {\\\"d3\\\":\\\"http://d3js.org/d3.v3.min\\\"};\\n\\n\\n\\n var shim = {\\\"d3\\\":{\\\"exports\\\":\\\"d3\\\"}};\\n\\n require.config({paths: path, shim:shim});\\n\\n\\nrequire(['d3'], function(d3){window['d3']=d3;console.log('finished loading d3');\\n\\n\\tvar script = d3.select(\\\"head\\\")\\n\\t .append(\\\"script\\\")\\n\\t .attr(\\\"src\\\", \\\"http://cdn.rawgit.com/domitry/Nyaplotjs/master/release/nyaplot.js\\\")\\n\\t .attr(\\\"async\\\", true);\\n\\n\\tscript[0][0].onload = script[0][0].onreadystatechange = function(){\\n\\n\\n\\t var event = document.createEvent(\\\"HTMLEvents\\\");\\n\\t event.initEvent(\\\"load_nyaplot\\\",false,false);\\n\\t window.dispatchEvent(event);\\n\\t console.log('Finished loading Nyaplotjs');\\n\\n\\t};\\n\\n\\n});\\n}\\n\""
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""
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"\"if(window['d3'] === undefined ||\\n window['Nyaplot'] === undefined){\\n var path = {\\\"d3\\\":\\\"http://d3js.org/d3.v3.min\\\",\\\"Bionya\\\":\\\"https://cdn.rawgit.com/domitry/nyaplot/master/lib/bionya/js/release/bionya\\\"};\\n\\n\\n\\n var shim = {\\\"d3\\\":{\\\"exports\\\":\\\"d3\\\"},\\\"Bionya\\\":{\\\"exports\\\":\\\"Bionya\\\"}};\\n\\n require.config({paths: path, shim:shim});\\n\\n\\nrequire(['d3'], function(d3){window['d3']=d3;console.log('finished loading d3');\\n\\n\\tvar script = d3.select(\\\"head\\\")\\n\\t .append(\\\"script\\\")\\n\\t .attr(\\\"src\\\", \\\"http://cdn.rawgit.com/domitry/Nyaplotjs/master/release/nyaplot.js\\\")\\n\\t .attr(\\\"async\\\", true);\\n\\n\\tscript[0][0].onload = script[0][0].onreadystatechange = function(){\\n\\nrequire(['Bionya'], function(Bionya){window['Bionya']=Bionya;console.log('finished loading Bionya');\\n\\t var event = document.createEvent(\\\"HTMLEvents\\\");\\n\\t event.initEvent(\\\"load_nyaplot\\\",false,false);\\n\\t window.dispatchEvent(event);\\n\\t console.log('Finished loading Nyaplotjs');\\n});\\n\\t};\\n\\n\\n});\\n}\\n\""
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"true"
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"end\n",
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"
group | df |
---|
group0 | |
group1 | |
group2 | |
group3 | |
group4 | |
group5 | |
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group7 | |
group8 | |
group9 | |
"
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"plot = Nyaplot::CircularPlot.new(df, :group, :df)\n",
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"\"{\\\"diagrams\\\":[],\\\"options\\\":{\\\"zoom\\\":true,\\\"width\\\":800,\\\"height\\\":800,\\\"axis_extra_options\\\":{\\\"group_by\\\":\\\"group\\\",\\\"color\\\":[\\\"#253494\\\"],\\\"inner_num\\\":0,\\\"outer_num\\\":1,\\\"df_id\\\":\\\"3b9f7deb-7b35-43fc-b92e-05716f486799\\\"}},\\\"axis_extra_options\\\":{\\\"group_by\\\":\\\"group\\\",\\\"color\\\":[\\\"#253494\\\"],\\\"inner_num\\\":0,\\\"outer_num\\\":1,\\\"df_id\\\":\\\"3b9f7deb-7b35-43fc-b92e-05716f486799\\\"},\\\"extension\\\":\\\"Bionya\\\"}\""
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"\n"
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"#[#[#:arc, :options=>{:x=>:axis, :y=>:val, :range=>[0, 4], :layer=>1}, :data=>\"3b9f7deb-7b35-43fc-b92e-05716f486799\"}>], :options=>{:zoom=>true, :width=>800, :height=>800, :axis_extra_options=>{:group_by=>:group, :color=>[\"#253494\"], :inner_num=>0, :outer_num=>2, :df_id=>\"3b9f7deb-7b35-43fc-b92e-05716f486799\", :axis=>:axis}}, :axis_extra_options=>{:group_by=>:group, :color=>[\"#253494\"], :inner_num=>0, :outer_num=>2, :df_id=>\"3b9f7deb-7b35-43fc-b92e-05716f486799\", :axis=>:axis}, :extension=>\"Bionya\"}, @df=#\"group0\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group1\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group2\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group3\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group4\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group5\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group6\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group7\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group8\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group9\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}]>, @inner_num=0, @outer_num=2, @nested_label=:df, @axis=:axis>], :data=>{\"3b9f7deb-7b35-43fc-b92e-05716f486799\"=>#\"group0\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group1\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group2\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group3\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group4\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group5\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group6\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group7\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group8\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}, {:group=>\"group9\", :df=>#\"a\", :val=>2}, {:axis=>\"b\", :val=>3}, {:axis=>\"c\", :val=>4}]>}]>}, :extension=>[\"Bionya\"]}>"
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"df = Nyaplot::DataFrame.from_csv('./data/circular/category.csv')"
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"name | size |
---|
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chr2 | 243199373 |
chr3 | 198022430 |
chr4 | 191154276 |
chr5 | 180915260 |
chr6 | 171115067 |
chr7 | 159138663 |
chr8 | 146364022 |
chr9 | 141213431 |
chr10 | 135534747 |
chr11 | 135006516 |
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chr15 | 102531392 |
chr16 | 90354753 |
... | ... |
chry | 59373566 |
"
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"#\"chr1\", :size=>249250621}, {:name=>\"chr2\", :size=>243199373}, {:name=>\"chr3\", :size=>198022430}, {:name=>\"chr4\", :size=>191154276}, {:name=>\"chr5\", :size=>180915260}, {:name=>\"chr6\", :size=>171115067}, {:name=>\"chr7\", :size=>159138663}, {:name=>\"chr8\", :size=>146364022}, {:name=>\"chr9\", :size=>141213431}, {:name=>\"chr10\", :size=>135534747}, {:name=>\"chr11\", :size=>135006516}, {:name=>\"chr12\", :size=>133851895}, {:name=>\"chr13\", :size=>115169878}, {:name=>\"chr14\", :size=>107349540}, {:name=>\"chr15\", :size=>102531392}, {:name=>\"chr16\", :size=>90354753}, {:name=>\"chr17\", :size=>81195210}, {:name=>\"chr18\", :size=>78077248}, {:name=>\"chr19\", :size=>59128983}, {:name=>\"chr20\", :size=>63025520}, {:name=>\"chr21\", :size=>48129895}, {:name=>\"chr22\", :size=>51304566}, {:name=>\"chrx\", :size=>155270560}, {:name=>\"chry\", :size=>59373566}]>"
]
}
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"df2 = Nyaplot::DataFrame.from_csv('./data/circular/hgmd.tsv', {col_sep: \"\\t\"})"
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"gene_name | start | end | num1 | num2 |
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hs1 | 12252955 | 17252955 | 0.0 | 10.0 |
hs1 | 45797505 | 50797505 | 0.0 | 3.0 |
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hs1 | 20977000 | 25977000 | 0.0 | 14.0 |
hs1 | 182551337 | 187551337 | 0.0 | 17.0 |
hs1 | 8030994 | 13030994 | 0.0 | 1.0 |
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hs1 | 223285200 | 228285200 | 0.0 | 3.0 |
hs1 | 223284599 | 228284599 | 0.0 | 7.0 |
hs10 | 72195439 | 77195439 | 0.0 | 10.0 |
... | ... | ... | ... | ... |
hsX | 153284192 | 158284192 | 0.0 | 12.0 |
"
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"input": [
"hash = {}\n",
"df2.each_row do |row|\n",
" chr_name = \"chr\" + row[:gene_name].match(/hs(.+)/)[1]\n",
" hash[chr_name] ||= []\n",
" hash[chr_name].push({start: row[:start], val: row[:num2]})\n",
"end\n",
"\"\""
],
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{
"metadata": {},
"output_type": "pyout",
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"text": [
"\"\""
]
}
],
"prompt_number": 10
},
{
"cell_type": "code",
"collapsed": false,
"input": [
"bin_size = df.size.max/50\n",
"chr_name = df.column(:name).to_a\n",
"nested = df.column(:size).to_a.map.with_index do |size, i|\n",
" vals = hash[chr_name[i]]\n",
" names = hash2[chr_name[i]]\n",
" vals = [] if vals.nil?\n",
" names = [] if names.nil?\n",
" raw = Array.new(size/bin_size, 0).map.with_index {|val, i|\n",
" val = vals.reduce(0){|memo, v| next memo + v[:val] if v[:start] > i*bin_size && v[:start] < (i+1)*bin_size; memo}\n",
" name = names.select {|name| name[:locale] > i*bin_size && name[:locale] < (i+1)*bin_size}\n",
" {axis: i*bin_size, val: val, name: (name.length==0 ? '' : name[0][:name])}\n",
" }\n",
" Nyaplot::DataFrame.new(raw)\n",
"end\n",
"df.df = nested\n",
"df"
],
"language": "python",
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{
"html": [
"name | size | df |
---|
chr1 | 249250621 | axis | val | name |
---|
0 | 21.0 | CDK11A | 4985012 | 1.0 | PARK7 | 9970024 | 10.0 | TNFRSF1B | 14955036 | 0 | | 19940048 | 16.0 | PINK1 | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 1.0 | MPL | 44865108 | 3.0 | MUTYH | 49850120 | 0 | | 54835132 | 20.0 | USP24 | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 244265588 | 0 | |
|
chr2 | 243199373 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 11.0 | ROCK2 | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 5.0 | MSH6 | 49850120 | 0 | | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 234295564 | 0 | |
|
chr3 | 198022430 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 12.0 | XPC | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 10.0 | MLH1 | 39880096 | 0 | | 44865108 | 11.0 | MST1 | 49850120 | 0 | | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 189430456 | 0 | |
|
chr4 | 191154276 | axis | val | name |
---|
0 | 17.0 | GRK4 | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 15.0 | PPARGC1A | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 10.0 | TLR1 | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 0 | | 54835132 | 13.0 | KDR | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 10.0 | BTC | ... | ... | ... | 184445444 | 33.0 | CASP3 |
|
chr5 | 180915260 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 1.0 | DNAH5 | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 4.0 | ITGA2 | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 8.0 | PIK3R1 | 69790168 | 0 | | 74775180 | 10.0 | THBS4 | ... | ... | ... | 174475420 | 0 | |
|
chr6 | 171115067 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 30.0 | EHMT2 | 34895084 | 0 | | 39880096 | 1.0 | SLC29A1 | 44865108 | 0 | | 49850120 | 4.0 | PKHD1 | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 164505396 | 0 | |
|
chr7 | 159138663 | axis | val | name |
---|
0 | 1.0 | MAD1L1 | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 2.0 | GLI3 | 44865108 | 11.0 | IGFBP1 | 49850120 | 0 | | 54835132 | 11.0 | EGFR | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 149550360 | 0 | |
|
chr8 | 146364022 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 1.0 | BLK | 14955036 | 0 | | 19940048 | 7.0 | TNFRSF10A | 24925060 | 0 | | 29910072 | 11.0 | WRN | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 0 | | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 139580336 | 0 | |
|
chr9 | 141213431 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 9.0 | KDM4C | 9970024 | 18.0 | CER1 | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 0 | | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 134595324 | 12.0 | CARD9 |
|
chr10 | 135534747 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 2.0 | CUBN | 19940048 | 10.0 | PIP4K2A | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 13.0 | RET | 44865108 | 0 | | 49850120 | 0 | | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 10.0 | CTNNA3 | 69790168 | 10.0 | NODAL | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 129610312 | 16.0 | MGMT |
|
chr11 | 135006516 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 10.0 | PTPRJ | 49850120 | 0 | | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 21.0 | GSTP1 | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 129610312 | 0 | |
|
chr12 | 133851895 | axis | val | name |
---|
0 | 1.0 | FGF23 | 4985012 | 0 | | 9970024 | 5.0 | CDKN1B | 14955036 | 13.0 | PIK3C2G | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 10.0 | LRRK2 | 44865108 | 0 | | 49850120 | 1.0 | ATF1 | 54835132 | 17.0 | GLI1 | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 124625300 | 0 | |
|
chr13 | 115169878 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 18.0 | BRCA2 | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 15.0 | SETDB2 | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 109670264 | 12.0 | COL4A1 |
|
chr14 | 107349540 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 9.0 | RPGRIP1 | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 12.0 | BMP4 | 54835132 | 0 | | 59820144 | 7.0 | PRKCH | 64805156 | 0 | | 69790168 | 1.0 | PSEN1 | 74775180 | 1.0 | MLH3 | ... | ... | ... | 99700240 | 0 | |
|
chr15 | 102531392 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 33.0 | TP53BP1 | 44865108 | 0 | | 49850120 | 5.0 | TRPM7 | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 94715228 | 0 | |
|
chr16 | 90354753 | axis | val | name |
---|
0 | 3.0 | NTHL1 | 4985012 | 0 | | 9970024 | 1.0 | ERCC4 | 14955036 | 0 | | 19940048 | 7.0 | PALB2 | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 1.0 | RPGRIP1L | 54835132 | 0 | | 59820144 | 0 | | 64805156 | 0 | | 69790168 | 0 | | 74775180 | 0 | | ... | ... | ... | 84745204 | 0 | |
|
... | ... | ... |
chry | 59373566 | axis | val | name |
---|
0 | 0 | | 4985012 | 0 | | 9970024 | 0 | | 14955036 | 0 | | 19940048 | 0 | | 24925060 | 0 | | 29910072 | 0 | | 34895084 | 0 | | 39880096 | 0 | | 44865108 | 0 | | 49850120 | 0 | |
|
"
],
"metadata": {},
"output_type": "pyout",
"prompt_number": 11,
"text": [
"#\"chr1\", :size=>249250621, :df=>#0, :val=>21.0, :name=>\"CDK11A\"}, {:axis=>4985012, :val=>1.0, :name=>\"PARK7\"}, {:axis=>9970024, :val=>10.0, :name=>\"TNFRSF1B\"}, {:axis=>14955036, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>19940048, :val=>16.0, :name=>\"PINK1\"}, {:axis=>24925060, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>29910072, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>34895084, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>39880096, :val=>1.0, :name=>\"MPL\"}, {:axis=>44865108, :val=>3.0, :name=>\"MUTYH\"}, {:axis=>49850120, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>54835132, :val=>20.0, :name=>\"USP24\"}, {:axis=>59820144, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>64805156, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>69790168, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>74775180, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>79760192, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>84745204, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>89730216, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>94715228, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>99700240, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>104685252, :val=>0, :name=>\"\"}, {:axis=>109670264, 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|
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"
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