PCM2PWM не имеет возможности вычислить псевдокаунт для матриц с разными каунтами в столбцах. Может быть брать логарифм и корень максимума. Или конкретной колонки?

сделать работу с ValidationError
сделать ошибки тэгированными
обобщить модели фона на разные алфавиты
парсеры
  подумать про большее число парсеров: transfac etc
  должны ли парсеры быть в библиотеке или снаружи
  не стоит ли парсеры утащить в MotifModel или еще куда-нибудь? У нас ведь еще будут парсеры сиквенсов итп
форматтеры
  должны ли форматтеры быть в библиотеке или снаружи
конвертеры
  конвертер мары должен быть вынесен отдельно
  конвертеры хорошо быть отрефакторить (но не ясно как это сделать хорошо)
  посмотреть, совместимы ли конвертеры с идеей разных алфавитов
включить модели сиквенсов (оптимизировать их: нуклекотид-число; не забыть про разные алфавиты)/снипов/алигнментов/геномных позиций-интервалов
скоринг IUPAC-сиквенсов сейчас делается при помощи IUPAC-алфавитных матриц (см. конвертер PWM2IupacPWM). Написать хелпы.
утащить CLI из пакета куда-нибудь
утащить из bioinform.rb get_pcm
починить convert_motif

PM#equal? и PM#hash

? Make parser exception print out text where parsing was broken (processing line +- 2 nearest lines and command and line numbers)

Create CLI-apps:
? -- to merge many files(or whole folder) to a Collection (in a way that makes able to give collection a name)

Decide:
-- Whether to cache suffices:  cache :best_suffix, obsolete: [:discrete!, :background!, ...]

Specs
-- PWM#probabilities, #score_variance, #gauss_estimation

background#to_s and WordwiseBackground#to_s